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- PDB-4q2p: NHERF3 PDZ2 in Complex with a Phage-Derived Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q2p
タイトルNHERF3 PDZ2 in Complex with a Phage-Derived Peptide
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cation transmembrane transport / carnitine transport / positive regulation of ion transmembrane transporter activity / scavenger receptor binding / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / positive regulation of protein localization to membrane / microvillus membrane / brush border / positive regulation of protein targeting to membrane / protein-membrane adaptor activity ...positive regulation of cation transmembrane transport / carnitine transport / positive regulation of ion transmembrane transporter activity / scavenger receptor binding / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / positive regulation of protein localization to membrane / microvillus membrane / brush border / positive regulation of protein targeting to membrane / protein-membrane adaptor activity / regulation of monoatomic anion transport / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / brush border membrane / apical plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A structural portrait of the PDZ domain family.
著者: Ernst, A. / Appleton, B.A. / Ivarsson, Y. / Zhang, Y. / Gfeller, D. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2014年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
C: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2825
ポリマ－32,0983
非ポリマー1842
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.310, 153.310, 34.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 / NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi ...NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi cotransporter C-terminal-associated protein 1 / NaPi-Cap1 / PDZ domain-containing protein 1 / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 3


分子量: 10699.305 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 132-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDZK1, CAP70, NHERF3, PDZD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5T2W1
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PHAGE-DERIVED PEPTIDE LIGAND WAS FUSED TO THE C TERMINUS OF THE LINKER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.1 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 18068 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.124.60.2964.414160.96373.6
2.12-2.214.80.2615691.02483.1
2.21-2.314.80.20617911.03593.7
2.31-2.435.10.17618831.08599.6
2.43-2.585.40.13918921.033100
2.58-2.785.50.10419261.061100
2.78-3.065.50.07118931.024100
3.06-3.55.60.0519121.03100
3.5-4.45.60.03119010.954100
4.4-205.60.02418850.94399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g9o

1g9o


解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.303 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2516 939 5.2 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1916 18067 94.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.02 Å2 / Biso mean: 55.336 Å2 / Biso min: 26.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å2-1.31 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---3.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 0 12 100 2153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9832784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92133525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8235260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9824.81983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45915398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.663159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4992.51700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7552.5552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.20252098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8252.5883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1315685
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.092 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 40 -
Rwork0.262 759 -
all-799 -
obs--70.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.4962-0.7169-1.1956.3167-0.07422.15010.011-0.29850.0779-0.03090.02020.2293-0.01230.1016-0.0311-0.43010.01050.0224-0.35010.0896-0.3283-8.53642.780816.9706
24.81831.15520.2197.65891.38263.46410.00330.27760.3985-0.1672-0.09440.46630.00590.01280.0912-0.4425-0.01520.0065-0.4560.0015-0.451524.227458.157227.4303
311.05913.6494-2.30369.7691-2.33635.4035-0.30220.26390.30230.01170.0654-1.4626-0.27110.64780.2368-0.3593-0.0399-0.0675-0.23130.02570.2967-12.873876.327130.3314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A129 - 218
2X-RAY DIFFRACTION1C221 - 226
3X-RAY DIFFRACTION2A219 - 226
4X-RAY DIFFRACTION2B133 - 214
5X-RAY DIFFRACTION3B222 - 226
6X-RAY DIFFRACTION3C132 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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