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- PDB-5z25: Trimeric Alpha-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c555 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z25
タイトルTrimeric Alpha-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c555
要素Cytochrome c552
キーワードELECTRON TRANSPORT / Permutant
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c552
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Oda, A. / Nagao, S. / Yamanaka, M. / Ueda, I. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPS26288080 日本
JSPS15K13744 日本
JSPS15H00945 日本
引用ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2018
タイトル: Construction of a Triangle-Shaped Trimer and a Tetrahedron Using an alpha-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c555.
著者: Oda, A. / Nagao, S. / Yamanaka, M. / Ueda, I. / Watanabe, H. / Uchihashi, T. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
履歴
登録2017年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1483
ポリマ－10,3351
非ポリマー8132
水1,53185
1
A: Cytochrome c552
ヘテロ分子

A: Cytochrome c552
ヘテロ分子

A: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4439
ポリマ－31,0053
非ポリマー2,4386
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation30_544z,-x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation84_445-y-1/2,-z-1/2,x1
Buried area11470 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.804, 153.804, 153.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-284-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c552


分子量: 10335.003 Da / 分子数: 1 / 変異: K45A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: cycB2, aq_1550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JCB387 / 参照: UniProt: O67504
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate with 2% (v/v) PEG 400, 100 mM HEPES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 19058 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 18.6 % / Net I/σ(I): 23.839
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 1005 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2zxy

2zxy


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 4.726 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26831 881 5.2 %RANDOM
Rwork0.22693 ---
obs0.22905 15942 94.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数723 0 56 85 864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.019793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1582.0781074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89931845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.706595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83627.58629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15915144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.379151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2311.757383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.231.757382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6752.642477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6742.642478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6512.025410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.652.025410
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0062.883598
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.88214.578982
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.51314.196952
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.84631592
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.913531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.73251632
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 68 -
Rwork0.205 1213 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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