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- PDB-4oyl: Humicola insolens cutinase in complex with mono-ethylphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyl
タイトルHumicola insolens cutinase in complex with mono-ethylphosphate
要素Cutinase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cutinase / cutinase activity / carbohydrate catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase, monofunctional / Cutinase, aspartate and histidine active sites / Cutinase, serine active site / Cutinase, serine active site. / Cutinase, aspartate and histidine active sites. / Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Cutinase, monofunctional / Cutinase, aspartate and histidine active sites / Cutinase, serine active site / Cutinase, serine active site. / Cutinase, aspartate and histidine active sites. / Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dauter, Z.D. / Brzozowski, A.M. / Turkenburg, J.P. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Thermodynamic and structural investigation of the specific SDS binding of Humicola insolens cutinase.
著者: Kold, D. / Dauter, Z. / Laustsen, A.K. / Brzozowski, A.M. / Turkenburg, J.P. / Nielsen, A.D. / Kolds, H. / Petersen, E. / Schitt, B. / De Maria, L. / Wilson, K.S. / Svendsen, A. / Wimmer, R.
履歴
登録2014年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年1月7日Group: Database references
改定 1.32015年9月23日Group: Data collection
改定 1.42017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_related ...diffrn_source / pdbx_database_related / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_related.db_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cutinase
B: Cutinase
C: Cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2183
ポリマ－61,2183
非ポリマー00
水5,296294
1
A: Cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4061
ポリマ－20,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area22220 Å2
2
B: Cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4061
ポリマ－20,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4061
ポリマ－20,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.630, 66.400, 71.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cutinase


分子量: 20405.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: A0A075B5G4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein concentration 30 mg mL-1, 0.1 M TRIS/HCl pH 8.5, 50 mM lysine, PEG MME 2K 11% v/v of 50% w/v stock solutions or PEG MME 550 16% v/v of 50 % w/v stock solutions

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.89 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 99695 / Num. obs: 36134 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
精密化解像度: 2.05→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.688 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18355 1801 5 %RANDOM
Rwork0.14349 ---
obs0.1455 34332 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å2-1.05 Å2
2--3.25 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 0 294 4505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.985859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88839480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3375570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.44724.101178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22215645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2121533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4991.7172297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4941.7162296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3722.5672848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3722.5682849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3812.0462021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.382.0482022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7772.9373008
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.8714.5284850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.86214.4714829
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 132 -
Rwork0.234 2351 -
obs--92.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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