PDB-4q2f: Galectin-1 in Complex with Ligand AN020

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q2f

タイトル

Galectin-1 in Complex with Ligand AN020

要素

Galectin-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Grimm, C. / Bertleff-Zieschang, N.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Galectin-1 in Complex with Ligand AN020
著者: Grimm, C. / Bertleff-Zieschang, N.

履歴

登録	2014年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q2f.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q2f.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q1p 4q1r 4q26 4q27
類似構造データ	4q27-d 4q1p-d 5ews-3 1w6q-d 4y1z-d 4y1y-d 4lbq-1 4y22-d 4y1u-d 5mwt-d 4xbl-d 5mwx-d 4q26-1 5ews-4 1slt-d 4y1x-d 6m5y-d 3oy8-d 6f83-d 1w6p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

ヘテロ分子

31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Galectin-1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Galectin-1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.295, 58.411, 111.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / HBL / HPL / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Putative MAPK-activating protein PM12 / S-Lac lectin 1 分子量: 15016.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382
#2: 化合物	ChemComp-2XW / prop-2-en-1-yl 2-(acetylamino)-4-O-(3-O-{[1-(5-amino-1H-1,2,4-triazol-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl]methyl}-beta-D-galactopyranosyl)-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside 分子量: 586.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₄N₈O₁₁
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9766 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→55.537 Å / Num. all: 56303 / Num. obs: 56022 / % possible obs: 99.1 % / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	最高解像度: 1.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→40.339 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1957	2000	3.57 %
R_work	0.1827	-	-
obs	0.1832	56021	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2063	0	87	236	2386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.787	3229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.667	899
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.435	0.3358	138	0.3503	3708	X-RAY DIFFRACTION	98
1.435-1.4738	0.3494	138	0.3106	3730	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4738-1.5172	0.2877	141	0.2717	3827	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5172-1.5662	0.2285	139	0.2221	3770	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5662-1.6221	0.2569	143	0.2168	3839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6221-1.6871	0.2077	141	0.2091	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6871-1.7639	0.2276	143	0.1933	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8569	0.2019	142	0.1849	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8569-1.9732	0.1697	144	0.1722	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9732-2.1255	0.1988	143	0.16	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.3394	0.1644	144	0.1608	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3394-2.6779	0.1942	145	0.1718	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-3.3736	0.194	146	0.1731	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3736-40.3557	0.1721	153	0.1721	4129	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7964	6.0582	1.8149	5.6038	0.4029	4.961	0.2071	-0.2842	-0.225	-0.0642	-0.1769	-0.174	0.5154	0.1715	-0.0292	0.227	0.0495	0.0008	0.096	-0.0546	0.1815	14.2489	11.5089	18.0467
2	2.1821	-7.4973	7.9068	6.9524	-3.4715	9.3833	0.3409	-0.2312	-0.8743	-0.5173	-0.0329	0.6785	0.0669	-0.1336	-0.2841	0.2028	-0.0698	-0.0492	0.069	0.0468	0.2317	5.6869	18.4716	3.5674
3	2.3077	-0.3857	0.3868	5.6096	-2.7935	7.5873	0.0438	-0.0119	0.1107	0.0316	0.1208	0.3869	-0.3162	-0.2839	-0.1636	0.1761	-0.0163	0.034	0.0748	-0.0209	0.1129	4.8235	23.6538	14.3813
4	1.1771	0.4265	-2.2893	9.7673	1.7674	2.0169	0.1387	-0.1553	-0.3784	-0.1165	-0.1543	0.0483	-0.822	0.7334	-0.0886	0.1857	-0.0071	0.0421	0.0828	-0.0369	0.0737	6.4188	27.1339	19.445
5	0.9542	1.8043	-1.9107	4.2716	-5.6782	9.7534	-0.1349	0.0817	0.0335	0.0773	0.112	0.0696	-0.6631	0.0998	0.1905	0.3864	-0.0374	0.0747	0.1494	-0.0162	0.1554	7.4429	32.0518	15.8262
6	7.2425	-1.8689	4.3451	6.2721	0.0788	5.6401	0.6248	0.3728	-0.1454	-0.7337	-0.321	0.2578	0.312	0.1601	-0.2597	0.2586	-0.013	-0.0063	0.1284	0.0029	0.112	10.9395	22.2531	2.1179
7	6.2308	-2.5007	0.5061	8.0642	-0.1076	2.0256	0.0113	-0.3687	0.1535	0.4151	0.2112	-0.5267	-0.5463	0.5847	-0.1767	0.1891	-0.0949	-0.0033	0.1969	-0.0074	0.1501	20.4875	23.8004	15.7663
8	3.9496	0.8049	-2.2513	3.6967	4.929	9.7368	0.1066	0.1352	0.14	-0.2502	-0.0428	-0.0834	-1.0458	0.1585	-0.2456	0.2776	-0.0601	0.0502	0.1403	-0.0092	0.1341	16.5516	28.1006	8.7833
9	1.2811	-1.0654	-0.8455	6.8958	-0.6606	2.3366	-0.1785	-0.0696	-0.0424	0.3393	0.2331	-0.1748	-0.4103	0.4253	-0.0162	0.2257	-0.0186	0.009	0.1377	-0.0131	0.085	12.2032	18.0432	21.6542
10	2.0718	-1.3259	5.0913	3.866	-3.729	7.0721	-0.0183	0.4582	-0.1539	0.0792	0.0247	0.152	0.0548	0.3379	-0.0383	0.2086	-0.0203	-0.013	0.1095	-0.0197	0.2052	11.1321	12.1034	6.8565
11	4.4902	1.8264	0.7499	3.6202	3.3089	3.9225	0.1752	-0.075	0.2515	0.0253	-0.0628	-0.1613	-0.1035	-0.2223	-0.132	0.1986	-0.0118	-0.0269	0.0601	0.0227	0.1301	4.6473	2.7602	10.8307
12	6.5627	-2.5842	1.1786	6.3312	-4.1489	3.8329	-0.0048	-0.2317	0.2596	0.4623	-0.1987	-1.1732	-0.1253	0.5153	0.2212	0.1854	-0.0115	-0.1173	0.1557	-0.059	0.3161	21.8331	-2.6511	12.4424
13	6.8582	-3.1275	-1.3953	3.4522	0.5212	2.284	0.0113	-0.1901	0.204	0.2079	0.0516	-0.0949	-0.0402	0.0171	-0.0726	0.1477	-0.0237	0.0118	0.0728	-0.0149	0.0825	8.1292	-7.0369	15.9043
14	9.6773	7.8054	-1.2581	2.0391	1.9615	8.1711	0.3824	-1.0383	-1.06	0.9575	-0.0979	-0.8503	0.6576	0.4858	-0.1715	0.2663	0.059	-0.0789	0.2912	0.0614	0.3064	21.8641	-16.7548	18.6854
15	2.8046	-3.2975	-5.3225	5.8063	2.5261	4.6889	-0.0986	-0.1174	-0.1391	0.2804	0.0106	-0.0158	0.1835	0.1154	0.1793	0.1669	-0.0159	-0.0011	0.1401	-0.0008	0.0668	8.5129	-15.8731	15.7512
16	6.1666	1.2731	3.463	6.1331	-0.3146	3.5198	-0.1907	0.126	0.9646	-0.158	-0.0764	-1.2538	0.1427	0.3778	0.2434	0.1453	0.0323	-0.0001	0.1767	-0.0339	0.308	21.3642	-6.7076	7.3799
17	7.1879	-1.9704	0.8292	8.8345	-1.9577	5.4268	-0.1236	0.1973	-0.0042	-0.5981	0.1897	0.1887	0.1653	-0.3044	-0.0559	0.1802	-0.0253	-0.01	0.1054	-0.0054	0.0667	4.1176	-9.4323	2.9934
18	1.9937	3.3513	1.635	5.4331	-1.5981	1.8812	0.0122	0.4582	0.1173	-0.4361	0.0972	-0.2583	0.1761	0.1103	0.0922	0.1902	0.0153	0.0389	0.1077	-0.04	0.1334	13.8425	-12.7601	3.3604
19	3.6708	-0.6582	1.9548	6.1566	-0.0877	5.3404	-0.2093	0.0569	0.1135	-0.0816	0.1242	0.2553	-0.1934	-0.0071	0.0723	0.0837	-0.0065	0.0433	0.0842	-0.0025	0.0213	2.4613	-5.3915	12.8235
20	6.786	-6.6703	5.9607	9.5176	-8.5973	8.0507	0.4596	0.1143	-0.4297	0.104	-0.0569	-0.0606	0.4979	0.1613	-0.4835	0.2377	0.0014	-0.0277	0.1219	-0.038	0.1754	15.9777	2.9583	9.3321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 29 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 89 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 90 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 100 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 110 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 125 through 134 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 15 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 17 through 29 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 30 through 48 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 49 through 56 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 57 through 76 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 77 through 89 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 90 through 99 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 100 through 109 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 110 through 124 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 125 through 134 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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