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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q27 | |||||||||
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タイトル | Galectin-1 in Complex with a Click-Activated N-Acetyllactosamine | |||||||||
要素 | Galectin-1 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / galactoside binding / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / galactoside binding / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Grimm, C. / Bertleff-Zieschang, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Galectin-1 in Complex with a Click-Activated N-Acetyllactosamine 著者: Grimm, C. / Bertleff-Zieschang, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q27.cif.gz | 178.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q27.ent.gz | 150.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q27.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4q27_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4q27_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4q27_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4q27_validation.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q27 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15016.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382 #2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 461.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.051→40.465 Å / Num. all: 102105 / Num. obs: 102105 / % possible obs: 96.1 % / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.2 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→40.465 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→40.465 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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