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- PDB-4q1l: Crystal structure of Leucurolysin-a complexed with an endogenous ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q1l
タイトルCrystal structure of Leucurolysin-a complexed with an endogenous tripeptide (QSW).
要素
  • GLN-SER-TRP
  • Snake venom metalloproteinase leucurolysin-A
キーワードHYDROLASE / Alfa/Beta Protein / Metalloendopeptidase / Zinc Binding Calcium Binding / Venom Compound
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / fibrinolysis / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Snake venom metalloproteinase leucurolysin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops leucurus (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferreira, R.N. / Sanchez, E.O.F. / Pimenta, A.M.C. / Nagem, R.A.P.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Leucurolysin-a complexed with an endogenous tripeptide (QSW).
著者: Ferreira, R.N. / Rates, B. / Richardson, M. / Guimaraes, B.G. / Sanchez, E.O.F. / Pimenta, A.M.C. / Nagem, R.A.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Complete amino-acid sequence, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of leucurolysin-a, a nonhaemorrhagic metalloproteinase from Bothrops leucurus snake venom.
著者: Ferreira, R.N. / Rates, B. / Richardson, M. / Guimaraes, B.G. / Sanchez, E.O. / Pimenta, A.M. / Nagem, R.A.
履歴
登録2014年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snake venom metalloproteinase leucurolysin-A
D: GLN-SER-TRP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6826
ポリマ－23,4562
非ポリマー2274
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.350, 58.408, 76.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Snake venom metalloproteinase leucurolysin-A / Leuc-A / SVMP


分子量: 23036.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom compound / 由来: (天然) Bothrops leucurus (ヘビ)
参照: UniProt: P84907, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド GLN-SER-TRP


分子量: 419.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom compound / 由来: (天然) Bothrops leucurus (ヘビ)

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非ポリマー , 5種, 214分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE THE SEQUENCE 102-VAL:103-PHE IN THE PDB FILE IS THE CORRECT ONE AS ...AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE THE SEQUENCE 102-VAL:103-PHE IN THE PDB FILE IS THE CORRECT ONE AS SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY. THE SEQUENCE 102-PHE:103-LEU IS INCORRECT. AUTHORS HAVE INDICATED THAT IT IS MORE LIKELY THAT THE SEQUENCE, OBTAINED BY EDMAN DEGRADATION, WAS NOT CORRECT AT THIS PART OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M MIB/MIB 0.1 M AMMONIUM ACETATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CURVED CRYSTAL OF SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 16359 / Num. obs: 16352 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.9-1.971100
1.97-4.091100
4.09-50199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASERCrystallographic Software 2.5.3位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GBO

3gbo


解像度: 1.9→32.099 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 822 5.04 %
Rwork0.1535 --
obs0.1554 16304 99.86 %
all-16327 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 10 210 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2352344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.697646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8993-2.01830.21131370.16592521X-RAY DIFFRACTION99
2.0183-2.17410.20561430.15012509X-RAY DIFFRACTION100
2.1741-2.39280.21831470.15332550X-RAY DIFFRACTION100
2.3928-2.73890.21361420.14822555X-RAY DIFFRACTION100
2.7389-3.45010.16721220.14562623X-RAY DIFFRACTION100
3.4501-32.10350.17511310.15952724X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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