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- PDB-4q0r: The catalytic core of Rad2 (complex I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0r
タイトルThe catalytic core of Rad2 (complex I)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA repair protein RAD2
キーワードHydrolase/DNA / nuclease / nucleotide excision repair / nucleus / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / nucleotide-excision repair factor 3 complex / Dual incision in TC-NER / DNA endonuclease activity / nucleotide-excision repair / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
XPG/Rad2 endonuclease, eukaryotes / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...XPG/Rad2 endonuclease, eukaryotes / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Mietus, M. / Nowak, E. / Jaciuk, M. / Kustosz, P. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the catalytic core of Rad2: insights into the mechanism of substrate binding.
著者: Mietus, M. / Nowak, E. / Jaciuk, M. / Kustosz, P. / Studnicka, J. / Nowotny, M.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Structure summary
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD2
B: DNA repair protein RAD2
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6613
ポリマ－90,6613
非ポリマー00
水1,42379
1
A: DNA repair protein RAD2
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6442
ポリマ－47,6442
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
2
B: DNA repair protein RAD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0171
ポリマ－43,0171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.085, 94.085, 155.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD2


分子量: 43016.957 Da / 分子数: 2
断片: enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD2, YGR258C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosseta
参照: UniProt: P07276, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4627.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月25日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 39962 / Num. obs: 39459 / % possible obs: 98.74 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2 / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→39.406 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 33.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3102 1089 5.15 %
Rwork0.2453 --
obs0.2485 39066 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4392 82 0 79 4553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1636241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9221629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7503-2.81910.42441220.31752167X-RAY DIFFRACTION80
2.8191-2.89530.34621580.28872442X-RAY DIFFRACTION92
2.8953-2.98040.33751700.28412612X-RAY DIFFRACTION98
2.9804-3.07660.3261300.2732735X-RAY DIFFRACTION100
3.0766-3.18650.32721470.26342710X-RAY DIFFRACTION100
3.1865-3.3140.36331260.26492715X-RAY DIFFRACTION100
3.314-3.46480.36151540.27212711X-RAY DIFFRACTION100
3.4648-3.64730.34991600.25652681X-RAY DIFFRACTION100
3.6473-3.87570.26021650.2432711X-RAY DIFFRACTION100
3.8757-4.17460.33121560.22252673X-RAY DIFFRACTION100
4.1746-4.59410.27631280.21082713X-RAY DIFFRACTION100
4.5941-5.25760.32341080.2292770X-RAY DIFFRACTION100
5.2576-6.61890.3081340.25612707X-RAY DIFFRACTION100
6.6189-39.41010.25851530.23422708X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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