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- PDB-4pz1: Crystal structure of a sHIP (UniProt Id: Q99XU0) mutant from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pz1
タイトルCrystal structure of a sHIP (UniProt Id: Q99XU0) mutant from Streptococcus pyogenes
要素sHIP
キーワードUNKNOWN FUNCTION / helix-loop-helix
機能・相同性Protein of unknown function DUF4298 / Domain of unknown function (DUF4298) / identical protein binding / DUF4298 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Wisniewska, M. / Happonen, L. / Frick, I.-M. / Bjorck, L. / Streicher, W. / Malmstrom, J. / Wikstrom, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Functional and structural properties of a novel protein and virulence factor (Protein sHIP) in Streptococcus pyogenes.
著者: Wisniewska, M. / Happonen, L. / Kahn, F. / Varjosalo, M. / Malmstrom, L. / Rosenberger, G. / Karlsson, C. / Cazzamali, G. / Pozdnyakova, I. / Frick, I.M. / Bjorck, L. / Streicher, W. / ...著者: Wisniewska, M. / Happonen, L. / Kahn, F. / Varjosalo, M. / Malmstrom, L. / Rosenberger, G. / Karlsson, C. / Cazzamali, G. / Pozdnyakova, I. / Frick, I.M. / Bjorck, L. / Streicher, W. / Malmstrom, J. / Wikstrom, M.
履歴
登録2014年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sHIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4624
ポリマ－11,3511
非ポリマー1113
水1,40578
1
A: sHIP
ヘテロ分子

A: sHIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9238
ポリマ－22,7012
非ポリマー2226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_567x,-y+1,-z+21
Buried area6070 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.370, 33.280, 89.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 sHIP


分子量: 11350.693 Da / 分子数: 1 / 変異: C65S, L84A, L88A, Y95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: M5005_Spy1730, SPy_2034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XU0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→19.76 Å / Num. obs: 9571 / % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MER

4mer


解像度: 1.73→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.071 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21065 461 4.8 %RANDOM
Rwork0.17794 ---
obs0.17957 9077 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数792 0 3 78 873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.019811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.9551099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79131717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.25596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.06825.90944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6215140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.774152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02183
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 34 -
Rwork0.201 657 -
obs--97.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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