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- PDB-4pyt: Crystal structure of a MurB family EP-UDP-N-acetylglucosamine red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pyt
タイトルCrystal structure of a MurB family EP-UDP-N-acetylglucosamine reductase
要素UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MurB/Flavoprotein / FAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 1 / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 ...Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 1 / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / PDB ENTRY 3TX1 / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Cao, H. / Franz, L. / Sen, S. / Bingman, C.A. / Auldridge, M. / Steinmetz, E. / Mead, D. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: LucY: A Versatile New Fluorescent Reporter Protein.
著者: Auldridge, M.E. / Cao, H. / Sen, S. / Franz, L.P. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Phillips, G.N. / Mead, D. / Steinmetz, E.J.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年3月22日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6907
ポリマ－33,7611
非ポリマー9296
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.786, 106.786, 201.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

MG

21A-404-

MG

31A-566-

HOH

41A-732-

HOH

51A-736-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase


分子量: 33760.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q65JX9*PLUS, UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
由来についての詳細THERMOPHILIC METAGENOMIC SAMPLE FROM CORN STOVER, MIDDLETON, WI

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Final crystallization conditions contained 1.5 micro l reservoir solution (0.5M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5 and 20% PEG 8000) and 1.5 micro L of 8.0 mg/ml LucY in 150mM NaCl, 50mM Tris pH 7.5.. ...詳細: Final crystallization conditions contained 1.5 micro l reservoir solution (0.5M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5 and 20% PEG 8000) and 1.5 micro L of 8.0 mg/ml LucY in 150mM NaCl, 50mM Tris pH 7.5.. Crystals were cryoprotected by transferring into Mitegen s LV CryoOil (MiTeGen, LLC) prior to mounting and were flash-frozen in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→10000 Å / Num. all: 37686 / Num. obs: 37611 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.880.8618260.719198.4
1.88-1.923.80.75818350.816199.1
1.92-1.954.30.6418460.689199.3
1.95-1.994.90.50718690.766199.6
1.99-2.045.70.42518490.739199.9
2.04-2.0870.37618670.9521100
2.08-2.147.50.27618840.8021100
2.14-2.197.50.23918550.8931100
2.19-2.267.50.22218881.1531100
2.26-2.337.50.16418791.0951100
2.33-2.417.50.14618731.0681100
2.41-2.517.50.12518541.0021100
2.51-2.637.50.10818901.0971100
2.63-2.767.60.09618871.0271100
2.76-2.947.50.08418930.9761100
2.94-3.167.50.07318741.0381100
3.16-3.487.50.07219000.8971100
3.48-3.997.50.08619191.05199.9
3.99-5.027.50.07919280.9621100
5.02-100007.40.06519950.951199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: PDB ENTRY 3TX1 / 解像度: 1.853→44.167 Å / FOM work R set: 0.8114 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 1876 4.99 %Random
Rwork0.2038 ---
obs0.205 37607 99.63 %-
all-37746 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.02 Å2 / Biso mean: 36.04 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.853→44.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2294 0 58 346 2698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4173220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.599883
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8531-1.90320.32371340.29892636277097
1.9032-1.95920.30931400.28762699283999
1.9592-2.02250.28941450.259427352880100
2.0225-2.09480.30291440.252527372881100
2.0948-2.17860.28211430.245127252868100
2.1786-2.27780.27781450.224127502895100
2.2778-2.39790.24251430.227627332876100
2.3979-2.54810.26431450.233427462891100
2.5481-2.74480.26571450.234927492894100
2.7448-3.0210.25211450.226627562901100
3.021-3.45790.21531470.193627792926100
3.4579-4.3560.18241460.161927922938100
4.356-44.17990.18531540.174628943048100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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