PDB-4pys: The crystal structure of beta-N-acetylhexosaminidase from Bactero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pys

タイトル

The crystal structure of beta-N-acetylhexosaminidase from Bacteroides fragilis NCTC 9343

要素

beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.822 Å

データ登録者

Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of beta-N-acetylhexosaminidase from Bacteroides fragilis NCTC 9343
著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pys.cif.gz	423.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pys.ent.gz	346.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pys_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pys_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	4pys_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	4pys_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2yjq-2 7cbo-d 5td4-d 3gmd-3 3g49-1 5ggi-1 6je8-d 2yay-1 2e4t-d 3zq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100029

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: beta-N-acetylhexosaminidase

B: beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.820, 96.820, 315.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer.

#1: タンパク質	beta-N-acetylhexosaminidase 分子量: 59199.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF9343_3009 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)magic / 参照: UniProt: Q5LAT3, UniProt: D1JST6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES:NaOH, 15%(v/v) PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→34.5 Å / Num. all: 134406 / Num. obs: 134406 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6620 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.822→34.032 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1895	6739	5.02 %	random
R_work	0.1645	-	-	-
obs	0.1657	134251	99.59 %	-
all	-	134251	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.822→34.032 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7853	0	68	604	8525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	11046
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.235	2970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.822-1.8427	0.2898	208	0.2407	4142	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8427-1.8644	0.2481	204	0.2258	4247	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8644-1.8872	0.2705	227	0.2118	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8872-1.911	0.2063	213	0.1999	4199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.911-1.9362	0.2355	225	0.1876	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9362-1.9627	0.2077	199	0.1821	4185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9627-1.9907	0.2076	230	0.1771	4204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9907-2.0205	0.2091	219	0.1724	4224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0205-2.052	0.1854	210	0.1702	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.0857	0.2088	235	0.1679	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0857-2.1216	0.1856	219	0.1619	4233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1216-2.1602	0.2063	211	0.1666	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1602-2.2017	0.1949	201	0.1682	4275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2017-2.2467	0.1926	248	0.1673	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2467-2.2955	0.1935	234	0.1657	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2955-2.3489	0.2038	238	0.1629	4207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3489-2.4076	0.1848	226	0.1659	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4076-2.4727	0.2236	221	0.1673	4254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4727-2.5454	0.1749	239	0.1613	4248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5454-2.6276	0.1856	219	0.1592	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6276-2.7214	0.1898	239	0.1598	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7214-2.8304	0.2017	223	0.1678	4284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8304-2.9591	0.174	226	0.1638	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9591-3.115	0.2067	222	0.1737	4297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.115-3.31	0.1915	215	0.1694	4278	X-RAY DIFFRACTION	99
3.31-3.5653	0.1807	248	0.1553	4275	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5653-3.9237	0.1786	202	0.1493	4346	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9237-4.4903	0.1611	226	0.1374	4325	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4903-5.6531	0.1618	276	0.1471	4366	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6531-34.0378	0.2077	236	0.1928	4445	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0912	0.1595	-0.3756	1.6473	0.3099	2.6405	0.0078	0.0324	0.155	-0.1712	0.0131	0.1587	-0.3216	-0.0341	-0.073	0.1452	0.0215	-0.0329	0.1562	-0.0307	0.2083	34.2383	-25.4782	26.6059
2	6.2262	-0.031	-2.4104	3.5316	1.3697	3.6907	-0.1264	-1.089	-0.1296	0.8296	-0.1143	0.4131	0.377	-0.2837	0.2158	0.3491	0.0139	0.0486	0.588	-0.067	0.4358	15.728	-32.6822	51.0184
3	2.2005	-0.8518	-0.3241	1.619	0.1022	1.9354	-0.1245	-0.279	-0.3103	0.2773	0.0525	0.3064	0.1474	-0.1161	0.0414	0.1744	0.0084	0.029	0.2011	-0.0148	0.1986	33.8811	-40.8317	42.6084
4	0.9596	0.0285	0.4087	1.2181	-0.095	3.9333	-0.0049	-0.1127	-0.1022	0.319	-0.0354	-0.0367	0.4729	0.1202	0.0327	0.2292	0.0022	0.0259	0.1899	-0.0218	0.1744	-9.7773	-22.3088	70.145
5	2.743	0.7694	0.4949	1.7534	0.9709	1.4301	-0.097	0.3796	0.261	-0.3423	-0.0834	0.4613	-0.1228	-0.2752	0.1391	0.1972	-0.0198	-0.0266	0.3943	-0.051	0.3115	-29.2947	-16.9973	41.8212
6	1.8649	0.0689	0.3546	2.082	-0.0286	1.6022	-0.1569	0.2937	0.036	-0.1192	0.0793	-0.1096	-0.0755	0.214	0.0796	0.1118	-0.0629	0.017	0.2744	-0.0264	0.1452	-6.8863	-9.8514	47.1

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 228 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 229 through 313 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 314 through 518 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 20 through 157 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 158 through 367 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 368 through 518 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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