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万見
- PDB-4pyj: human apo-COMT, single domain swap -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pyj
タイトルhuman apo-COMT, single domain swap
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / CONFORMATIONAL CHANGE / CATECHOLAMINE METABOLISM / CELL MEMBRANE / MEMBRANE / METAL-BINDING / SIGNAL-ANCHOR / ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / catechol O-methyltransferase / renal filtration / developmental process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / Methylation / renal albumin absorption / habituation / artery development / response to salt / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / cellular response to phosphate starvation / glomerulus development / synaptic transmission, dopaminergic / O-methyltransferase activity / response to angiotensin / cellular response to cocaine / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / response to amphetamine / methyltransferase activity / response to cytokine / visual learning / multicellular organism growth / response to toxic substance / memory / response to wounding / gene expression / methylation / response to oxidative stress / Potential therapeutics for SARS / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / magnesium ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Mapping the conformational space accessible to catechol-O-methyltransferase.
著者: Ehler, A. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5614
ポリマ－24,4781
非ポリマー833
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1228
ポリマ－48,9562
非ポリマー1656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.882, 67.165, 128.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-440-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24478.076 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 51-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21964, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.359 Å / Num. obs: 18911 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07428 / Net I/σ(I): 10.7626
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.25358 / Mean I/σ(I) obs: 1.2732 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1439)精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.9→40.359 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 17.62 / 位相誤差: 32.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 964 5.1 %
Rwork0.1977 --
obs0.2008 18903 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1619 0 3 71 1693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9762229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.677616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-2.00020.41021480.34522446X-RAY DIFFRACTION96
2.0002-2.12550.32361570.27252493X-RAY DIFFRACTION98
2.1255-2.28960.32291220.2422548X-RAY DIFFRACTION98
2.2896-2.520.27221350.2222540X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.88460.27491370.22032590X-RAY DIFFRACTION99
2.8846-3.63390.29371340.20382590X-RAY DIFFRACTION99
3.6339-40.36810.20391310.15862732X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.64241.01481.10713.65441.13343.68850.0138-1.8119-0.21590.7276-0.24840.2175-0.2878-0.02320.14080.6244-0.18530.12740.58170.00250.3992-13.582-18.5568-0.3407
22.66090.69570.48734.26541.49285.22620.4677-0.88130.79810.3853-0.44121.5305-0.6484-1.05350.25210.4522-0.21650.13650.5405-0.13660.6159-19.1291-13.8963-8.1721
31.5196-0.3855-0.34811.98450.88784.5990.166-0.10940.39810.0964-0.22540.0644-0.58330.32820.12580.4115-0.11650.02020.55650.0550.4876-11.1962-3.5386-17.4137
43.22110.6558-1.14171.25620.13691.3369-0.11170.122-0.22050.2194-0.03740.22020.092-0.13410.09670.4992-0.110.01670.3413-0.0220.3073-5.6905-17.2708-14.6027
52.9441.1957-0.74471.76670.47341.5119-0.0701-0.0902-0.53350.2526-0.0232-0.14020.65010.04430.01310.5015-0.02380.00970.3371-0.00530.33564.1301-20.8766-17.836
63.5582-0.2323-0.34762.97760.66563.2622-0.08310.2137-0.05310.01230.0017-0.22760.62730.1966-0.01880.3552-0.0961-0.03330.34050.02430.29686.9414-9.1024-16.8425
71.8359-0.4993-0.10632.07520.85022.25220.04630.05080.0911-0.0370.005-0.0007-0.15780.10340.05450.3823-0.0911-0.00290.3610.03070.28123.0524-4.0616-17.9166
82.40310.5380.03732.55010.37393.5074-0.0357-0.0470.44620.07410.16710.1466-0.6108-0.06840.07570.5374-0.0611-0.03510.36520.02540.38251.89093.3038-15.6216
92.38421.77410.57353.23181.42186.4266-0.25730.312-0.3432-0.0690.2497-0.05270.8324-0.0024-0.04210.61350.02870.04860.47890.01190.3611-0.7751-2.720813.8163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 53 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 85 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 156 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 157 through 180 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 181 through 206 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 207 through 226 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 227 through 249 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 250 through 266 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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