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- PDB-4py0: Crystal structure of P2Y12 receptor in complex with 2MeSATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4py0
タイトルCrystal structure of P2Y12 receptor in complex with 2MeSATP
要素P2Y purinoceptor 12, Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / purinergic receptor P2Y12 / partial agonist-bound / G-protein coupled receptor (GPCR) / signaling protein-nucleotide complex / PSI-Biology / GPCR Network / Structural Genomics / signaling membrane protein / GPCR / platelet activation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / G protein-coupled ADP receptor activity / regulation of microglial cell migration / cerebral cortex radial glia-guided migration / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration ...visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / G protein-coupled ADP receptor activity / regulation of microglial cell migration / cerebral cortex radial glia-guided migration / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration / G protein-coupled adenosine receptor activity / hemostasis / cell projection membrane / regulation of chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / substrate-dependent cell migration, cell extension / cell projection organization / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium assembly / cellular response to ATP / response to axon injury / monoatomic ion transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / establishment of localization in cell / electron transport chain / calcium-mediated signaling / platelet activation / platelet aggregation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2Y12 purinoceptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6AT / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / P2Y purinoceptor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. ...Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Zhao, Q. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Agonist-bound structure of the human P2Y12 receptor
著者: Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / ...著者: Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Zhao, Q.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22014年9月3日Group: Derived calculations
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2Y purinoceptor 12, Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5154
ポリマ－53,2491
非ポリマー1,2663
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.650, 65.110, 100.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 P2Y purinoceptor 12, Soluble cytochrome b562 / P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor ...P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor / P2Y(ADP) / SP1999 / Cytochrome b-562


分子量: 53248.879 Da / 分子数: 1 / 変異: D294N, M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of N-terminal residues 2-223 from P2Y12R (P2Y12_HUMAN), Soluble cytochrome b562 (C562_ECOLX), and C-terminal residues 224-342 from P2Y12R (P2Y12_HUMAN).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HORK3, P2RY12, cybC / プラスミド: pFASTBAC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q9H244, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-6AT / 2-(methylsulfanyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / 2-methylthio-adenosine-5'-triphosphate / 2-メチルチオATP


分子量: 553.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3S
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 35-40% PEG 400, 0.15-0.20M ammonium tartrate, 4% v/v MPD, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, Lipidic cubic phase (LCP), temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 8273 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 87.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PXZ and 1M6T

4pxz

1m6t


解像度: 3.1→28.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.498
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 422 5.1 %RANDOM
Rwork0.2216 ---
obs0.2239 8273 92.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8922 Å20 Å20.6083 Å2
2---0.3371 Å20 Å2
3----2.5552 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.653 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→28.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3046 0 65 1 3112
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes458HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3190HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion447SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3707SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3190HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4341HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.24
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.47 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 115 5.02 %
Rwork0.2248 2178 -
all0.2277 2293 -
obs--92.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56170.21370.33020.9639-0.28730.0491-0.1393-0.50870.20830.534-0.1158-0.3719-0.1519-0.2820.25510.70490.0947-0.16880.279-0.04030.3761-13.485-10.127-0.115
20.86980.44981.6071.51120.92827.1701-0.0584-0.01240.15090.4882-0.2147-0.2456-0.3026-0.39630.2731-0.02810.05430.14810.0338-0.04460.184817.502-25.972-43.415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|15 - A|305 }A15 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1106 }A1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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