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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pxy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Putative thua-like protein (BACUNI_01602) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.50 A resolution | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Trehalose utilization / PF06283 family protein / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ThuA-like domain / Trehalose utilisation / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / ThuA-like domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BACUNI_01602) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.50 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28929.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 8492 / 遺伝子: BACUNI_01602 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 575分子 ![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE THIS CONSTRUCT (RESIDUES 19-267) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. ...SEQUENCE THIS CONSTRUCT (RESIDUES 19-267) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M MES pH 6, 10% polyethylene glycol 8000, 0.2M zinc acetate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月24日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→29.356 Å / Num. obs: 78045 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.514 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 13.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2 .A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2 .A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID (MES), ZINC (ZN), AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS, AND CHLORIDE (CL) AND SODIUM FROM THE PURIFICATION BUFFERS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.4.ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT 6. REFINEMENTS WERE PERFORMED USING THE SAD TARGET FUNCTION OF REFMAC TO ESTIMATE THE OCCUPANCIES OF THE ZN SITES.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.28 Å2 / Biso mean: 17.3456 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.356 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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