[日本語] English
万見
- PDB-4pw6: structure of UHRF2-SRA in complex with a 5hmC-containing DNA, com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pw6
タイトルstructure of UHRF2-SRA in complex with a 5hmC-containing DNA, complex II
要素
  • 5hmC-containing DNA1
  • 5hmC-containing DNA2
  • E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
キーワードLIGASE/DNA / SRA / 5hmC binding / 5hmC-containing DNA / hydroxymethylation / nuclear / LIGASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO transferase activity / protein sumoylation / protein autoubiquitination / heterochromatin / pericentric heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding ...SUMO transferase activity / protein sumoylation / protein autoubiquitination / heterochromatin / pericentric heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / SRA-YDG / PUA domain-like / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG ...: / : / : / : / SRA-YDG / PUA domain-like / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.789 Å
データ登録者Zhou, T. / Xiong, J. / Wang, M. / Yang, N. / Wong, J. / Zhu, B. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Hydroxymethylcytosine Recognition by the SRA Domain of UHRF2.
著者: Zhou, T. / Xiong, J. / Wang, M. / Yang, N. / Wong, J. / Zhu, B. / Xu, R.M.
履歴
登録2014年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
C: 5hmC-containing DNA1
D: 5hmC-containing DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5134
ポリマ－58,5134
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.368, 115.368, 41.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2 / Np95/ICBP90-like RING finger protein / Np95-like RING finger protein / Nuclear protein 97 / Nuclear ...Np95/ICBP90-like RING finger protein / Np95-like RING finger protein / Nuclear protein 97 / Nuclear zinc finger protein Np97 / RING finger protein 107 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 2 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 2


分子量: 25579.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF2, NIRF, RNF107 / プラスミド: pET28a-smt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q96PU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: DNA鎖 5hmC-containing DNA1


分子量: 3747.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5hmC-containing DNA2


分子量: 3606.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 and 8% PEG-8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.51
反射解像度: 3.789→50 Å / Num. all: 5589 / Num. obs: 5480 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.789→3.94 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 536 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OLN

3oln


解像度: 3.789→38.674 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2865 554 10.11 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.237 5589 --
obs0.2365 5480 97.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.789→38.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 488 0 0 3468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5954991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.931364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7985-4.180.33531400.31931215X-RAY DIFFRACTION88
4.18-4.78310.2711330.23951212X-RAY DIFFRACTION89
4.7831-6.01960.26751390.221228X-RAY DIFFRACTION88
6.0196-31.99840.27551390.19841265X-RAY DIFFRACTION88

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る