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万見
- PDB-2gaz: Mycobacterial lipoglycan presentation by CD1d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gaz
タイトルMycobacterial lipoglycan presentation by CD1d
要素
  • T-cell surface glycoprotein CD1d1
  • beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / mycobacteria / NKT cells / TCR / CD1 / lipid antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / late endosome / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XPX / : / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2006
タイトル: Structural characterization of mycobacterial phosphatidylinositol mannoside binding to mouse CD1d.
著者: Zajonc, D.M. / Ainge, G.D. / Painter, G.F. / Severn, W.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The residue at position 219 is a His instead of Asp in the reference Bradbury et al., ...SEQUENCE The residue at position 219 is a His instead of Asp in the reference Bradbury et al., 1988, EMBO, 7, 3081-3086. Authors sequence agrees with the reference

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1d1
B: beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7826
ポリマ－44,2932
非ポリマー2,4894
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.835, 110.757, 107.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細heterodimer formed between CD1d and beta-2microglobulin

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1d1 / CD1.1 antigen


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain, residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 cells / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 cells / 参照: GenBank: 55153801, UniProt: P01887*PLUS

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
詳細: 2,6-(Di-O- -D-mannopyranosyl)-1-O-(1,2-di-O-palmitoyl-sn-glycero-3-phosphoryl)-D-myo-inositol
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 46分子

#5: 化合物 ChemComp-XPX / (2R)-3-[(HYDROXY{[(2R,3R,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-2,6-BIS(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYLOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]PROPAN E-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE / 2,6-(DI-O-D-MANNOPYRANOSYL)-1-O-(1,2-DI-O-PALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHORYL)-D-MYO-INOSITOL / 1-O-(1-O,2-O-ジヘキサデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-O,6-O-ビス(α-D-マンノピラノシ(以下略)


分子量: 1135.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H99O23P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% Peg 4000, 0.1M sodium citrate, 10% n-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月6日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15322 / Num. obs: 15322 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 47.4 Å2 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1505 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AKR

2akr


解像度: 2.61→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 25.384 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.759 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28032 760 5 %RANDOM
Rwork0.21245 ---
all0.21566 14514 --
obs0.21566 14514 96.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2971 0 166 45 3182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.9894404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56324.11146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.8915502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.711515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3680.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.51891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19522978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.71731566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7344.51426
LS精密化 シェル解像度: 2.611→2.679 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 42 -
Rwork0.269 1011 -
obs-1011 93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01750.24540.25690.4834-0.23881.6490.1098-0.1805-0.13490.1509-0.0410.09130.081-0.0654-0.0687-0.04680.01850.014-0.11810.0401-0.12763.6268-4.364724.9264
22.0637-0.75030.10915.0773-1.92422.52720.01590.26230.2265-0.2060.00940.1176-0.19810.033-0.0253-0.1299-0.00940.0163-0.12080.0035-0.09820.833222.42482.8707
33.77531.1344-1.1591.608-0.25821.9865-0.13990.1496-0.1655-0.22020.1108-0.04010.07-0.01250.029-0.05910.0144-0.0063-0.1189-0.0044-0.149518.49491.06010.1677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1857 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1AC - E501 - 524
3X-RAY DIFFRACTION1AF525
4X-RAY DIFFRACTION2AA186 - 279186 - 279
5X-RAY DIFFRACTION3BB2 - 992 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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