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- PDB-4pu6: Crystal structure of potassium-dependent plant-type L-asparaginas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pu6
タイトルCrystal structure of potassium-dependent plant-type L-asparaginase from Phaseolus vulgaris in complex with K+ cations
要素
  • L-ASPARAGINASE ALPHA SUBUNIT
  • L-ASPARAGINASE BETA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / metal binding sites / potassium coordination / K-dependent enzyme / Ntn-hydrolase / plant protein / L-asparaginase / isoaspartyl aminopeptidase / amidohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
(Glycosyl)asparaginase / Peptidase T2, asparaginase 2 / Asparaginase / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / : / Isoaspartyl peptidase/L-asparaginase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bejger, M. / Gilski, M. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Na+/K+ exchange switches the catalytic apparatus of potassium-dependent plant L-asparaginase
著者: Bejger, M. / Imiolczyk, B. / Clavel, D. / Gilski, M. / Pajak, A. / Marsolais, F. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of plant asparaginase.
著者: Michalska, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of isoaspartyl aminopeptidase in complex with L-aspartate
著者: Michalska, K. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Crystal packing of plant-type L-asparaginase from Escherichia coli
著者: Michalska, K. / Borek, D. / Hernandez-Santoyo, A. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The mechanism of autocatalytic activation of plant-type L-asparaginases
著者: Michalska, K. / Hernandez-Santoyo, A. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: ACTA BIOCHIM.POL. / 年: 2006
タイトル: Structural aspects of L-asparaginases, their friends and relations
著者: Michalska, K. / Jaskolski, M.
#6: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Expression, purification and catalytic activity of Lupinus luteus asparagine -amidohydrolase and its Escherichia coli homolog
著者: Borek, D. / Michalska, K. / Brzezinski, K. / Kisiel, A. / Podkowinski, J. / Bonthron, D.T. / Krowarsch, D. / Otlewski, J. / Jaskolski, M.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of a new L-asparaginase encoded by Escherichia coli genome.
著者: Borek, D. / Jaskolski, M.
#8: ジャーナル: ACTA BIOCHIM.POL. / 年: 2001
タイトル: Sequence analysis of enzymes with asparaginase activity
著者: Borek, D. / Jaskolski, M.
#9: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structures of apo and product-bound human L-asparaginase: insights into the mechanism of autoproteolysis and substrate hydrolysis
著者: Nomme, J. / Su, Y. / Konrad, M. / Lavie, A.
#10: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Free glicyne accelerates the autoproteolytic activation of human asparaginase
著者: Su, Y. / Karamitros, C.S. / Nomme, J. / McSorley, T. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ASPARAGINASE ALPHA SUBUNIT
B: L-ASPARAGINASE BETA SUBUNIT
C: L-ASPARAGINASE ALPHA SUBUNIT
D: L-ASPARAGINASE BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5709
ポリマ－69,2814
非ポリマー2895
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.938, 102.672, 127.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 L-ASPARAGINASE ALPHA SUBUNIT / L-ASPARAGINE AMIDOHYDROLASE


分子量: 21015.805 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL SUBUNIT ALPHA (UNP residues 1-195) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 遺伝子: PHAVU_001G025000g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V7CU13, asparaginase
#2: タンパク質 L-ASPARAGINASE BETA SUBUNIT / L-ASPARAGINE AMIDOHYDROLASE


分子量: 13624.618 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL SUBUNIT BETA (UNP residues 196-326) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SUBUNITS ALPHA (CHAINS A, C) AND BETA (CHAINS B, D) ARE, RESPECTIVELY, THE N- AND C-TERMINAL PRODUCTS OF AUTOPROTEOLYTIC CLEAVAGE OF A PRECURSOR.
由来: (組換発現) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 遺伝子: PHAVU_001G025000g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V7CU13, asparaginase
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE DIFFERENCE (POLYMORPHISM) AT POSITION 17 REFLECTS A DIFFERENT CULTIVAR (AC COMPASS).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1M bis tris propane, 0.2M sodium nitrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月22日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI -111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.6 Å / Num. obs: 32518 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 57.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.97
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GEZ

2gez


解像度: 2.3→47.6 Å / SU ML: 0.27 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: H ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1009 3.1 %
Rwork0.176 --
obs0.177 32518 96.3 %
all-32518 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 13 114 4361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0184313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4665835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8991565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005768
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 111 -
Rwork0.2834 3454 -
obs--76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7284-0.87540.81731.6448-0.06962.34020.13020.45640.0037-1.0089-0.0337-0.0074-0.0807-0.1107-0.09341.0420.0394-0.04790.34910.00290.2240.769228.23849.7554
21.6650.0244-0.5313.8548-0.60373.18450.18010.00930.0513-0.1769-0.0622-0.1631-0.68210.214-0.09240.3511-0.04690.02940.2278-0.04340.19692.719127.132923.4807
30.4646-0.18450.09031.64170.971.19020.0523-0.4570.27590.60340.0160.5622-0.4903-0.1716-0.06010.5912-0.06220.13030.3515-0.03850.1278-2.800821.695435.3971
45.9161-1.6190.7530.5255-0.69933.08120.030.4542-0.3837-0.472-0.07470.17670.1911-0.0227-0.03990.26770.0838-0.28620.8541-0.09831.1422-18.59816.510717.5464
50.3251-0.5201-0.42632.1929-0.50662.20640.555-0.0669-0.218-0.926-0.2547-0.3421-0.45350.2527-0.13470.3574-0.06290.20870.2955-0.00950.22967.077820.224819.0946
63.57431.2717-0.8174.74350.18894.72960.08490.5768-0.2541-0.7433-0.26040.21680.0819-0.05770.0750.71370.0512-0.03330.3157-0.02230.20873.76939.16813.5253
71.76490.1169-2.94173.5593-0.98615.0748-0.07080.0594-0.1736-0.263-0.1106-0.64670.06330.75460.10670.76430.11380.78030.47090.15560.576517.877914.332211.1185
81.8272-0.4711-0.84421.2384-0.16252.68360.04260.3034-0.0787-0.36120.098-0.2501-0.06930.3502-0.03021.6030.15191.07990.51590.1134-0.729214.737416.74883.0707
91.4817-0.1791-0.182.3182-1.40320.8841-0.252-0.2904-0.2570.0925-0.1946-0.9920.35070.87710.27530.37790.17740.04520.59390.26061.010521.7953-8.35430.6371
102.5225-0.6629-0.18823.47630.01362.2659-0.1395-0.3278-0.8789-0.1686-0.1312-0.75290.03240.4690.22810.38730.08620.09170.37620.22150.701212.185-10.839832.4582
112.7230.05620.29854.8715-0.14423.80420.06510.0186-0.4305-0.7768-0.09040.10640.28560.25560.04680.30450.04460.06980.21410.04280.29983.8393-1.257423.7023
120.6746-0.4401-0.14943.0861-0.44061.3220.1489-0.0935-0.5872-0.3339-0.18180.97680.0702-0.2760.05340.2111-0.0645-0.01170.26850.02150.4257-3.6213-0.249525.6722
136.30771.02065.05432.2340.9635.7479-0.093-0.324-0.22140.7811-0.24770.12280.45930.03070.22030.5185-0.02940.14290.32170.16670.4368-0.6942-6.373940.5643
140.8716-0.83370.18632.7913-2.83653.5687-0.1257-0.25470.07660.22820.2241-0.9556-0.3220.49870.06270.99360.0123-0.40890.83940.26030.684615.22863.135449.74
152.07320.2879-0.76453.3707-1.35492.2889-0.1169-0.0526-0.3623-0.3523-0.2492-1.18820.32510.47510.22360.2050.03160.04920.35970.12870.495313.3811.163224.6332
160.0406-0.00210.00331.5206-1.87652.3085-0.04760.2936-0.047-0.51990.0188-0.3378-0.270.3466-0.01870.84060.12550.5410.61170.20710.782120.46985.229412.451
171.1665-0.4392-0.91760.32151.08664.3424-0.06610.19680.0668-0.32310.0488-0.3125-0.25550.5741-0.00630.61310.14110.59830.94240.34651.453228.29721.938815.8565
181.172-0.50040.82311.2557-0.24273.902-0.45440.10210.2078-0.2909-0.0264-0.3071-0.44790.64850.36150.4417-0.04010.22150.66510.18741.055823.83034.136524.0551
190.0972-0.28290.20490.7692-0.62920.5206-0.0155-0.0015-0.2359-0.58-0.2594-0.73360.33510.64310.13840.28330.21610.32070.86420.37041.564125.4054-9.51224.4596
202.9973-1.31720.75450.8043-0.93691.79280.43330.6607-0.6053-0.53190.0821-0.0050.51740.1284-0.35981.04640.10370.16520.4545-0.11880.27616.384215.27898.101
210.3961-0.4855-0.16870.6454-0.02760.76740.20660.49790.2074-0.801-0.1908-0.4452-0.33610.3275-0.06321.56950.0760.36870.5286-0.00190.04818.362828.39897.0689
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 19 )
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16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 257 through 268 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 269 through 282 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 283 through 295 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 296 through 326 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 283 through 295 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 296 through 319 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 320 through 326 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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