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万見
- PDB-4ptk: Crystal structure of Staphylococcal IMPase-I complex with 3Mg2+ a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ptk
タイトルCrystal structure of Staphylococcal IMPase-I complex with 3Mg2+ and Phosphate
要素Inositol monophosphatase family protein
キーワードHYDROLASE / IMPase product complex
機能・相同性D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Das, A.K.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Structural elucidation of the binding site and mode of inhibition of Li(+) and Mg(2+) in inositol monophosphatase.
著者: Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Das, A.K.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase family protein
B: Inositol monophosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,95212
ポリマ－62,4322
非ポリマー52010
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.428, 62.455, 140.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Inositol monophosphatase family protein


分子量: 31215.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: SAS2203 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q6G709
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH8,18% (W/V) PEG 3350, Soaked with 0.1M HEPES pH8, 18% (W/V) PEG 3350, 10% Glycerol for 24 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: varimax (osmic mirror) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.503→140.497 Å / Num. all: 18411 / Num. obs: 18411 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.503-2.647.70.6951.11986425880.2660.6953.395.7
2.64-2.87.70.4921.61898424530.1880.4924.596
2.8-2.997.70.3772.11805823480.1450.3775.896.6
2.99-3.237.70.2622.91677421880.1010.2628.497.3
3.23-3.547.60.1475.21554620390.0570.1471497.8
3.54-3.967.60.1017.71424118780.0390.10119.898
3.96-4.577.50.06611.61248416610.0260.06627.698.5
4.57-5.67.40.06312.31061114310.0250.06328.499
5.6-7.917.20.07810831211490.0310.07823.399.4
7.91-46.6766.50.03122.144226760.0130.0314798.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QMF

3qmf


解像度: 2.503→46.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.2043 / WRfactor Rwork: 0.1465 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 9.013 / SU ML: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 1.8181 / SU Rfree: 0.3283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.818 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 953 5.2 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.181 18387 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.39 Å2 / Biso mean: 27.592 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4191 0 28 72 4291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194301
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8071.9595814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86939528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7355521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.30925.821201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.58115778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.816158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02975
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 62 -
Rwork0.204 1220 -
all-1282 -
obs--94.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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