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- PDB-4psi: PIH1D1/phospho-Tel2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psi
タイトルPIH1D1/phospho-Tel2 complex
要素
  • PIH1 domain-containing protein 1
  • Telomere length regulation protein TEL2 homolog
キーワードPROTEIN BINDING / alpha / beta / Phospho-binding / Tel2 / phsophorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA damage checkpoint / TTT Hsp90 cochaperone complex / TORC1 complex assembly / snoRNA localization / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / 'de novo' cotranslational protein folding / pre-snoRNP complex / : / R2TP complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I ...positive regulation of DNA damage checkpoint / TTT Hsp90 cochaperone complex / TORC1 complex assembly / snoRNA localization / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / 'de novo' cotranslational protein folding / pre-snoRNP complex / : / R2TP complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / box C/D snoRNP assembly / telomeric DNA binding / epithelial cell differentiation / positive regulation of TORC1 signaling / histone reader activity / phosphoprotein binding / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / rRNA processing / ATPase binding / histone binding / molecular adaptor activity / chromosome, telomeric region / nuclear body / protein stabilization / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / protein-containing complex binding / nucleolus / protein kinase binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Telomere length regulation protein, conserved domain / TEL2, C-terminal domain superfamily / : / Telomere length regulation protein / PIH1D1/2/3, CS-like domain / PIH1 CS-like domain / : / PIH1, N-terminal / PIH1 N-terminal domain / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PIH1 domain-containing protein 1 / Telomere length regulation protein TEL2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Smerdon, S.J. / Boulton, S.J. / Stach, L. / Flower, T.G. / Horejsi, Z.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Phosphorylation-Dependent PIH1D1 Interactions Define Substrate Specificity of the R2TP Cochaperone Complex.
著者: Horejsi, Z. / Stach, L. / Flower, T.G. / Joshi, D. / Flynn, H. / Skehel, J.M. / O'Reilly, N.J. / Ogrodowicz, R.W. / Smerdon, S.J. / Boulton, S.J.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIH1 domain-containing protein 1
B: PIH1 domain-containing protein 1
D: Telomere length regulation protein TEL2 homolog
E: Telomere length regulation protein TEL2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1824
ポリマ－34,1824
非ポリマー00
水59433
1
A: PIH1 domain-containing protein 1
D: Telomere length regulation protein TEL2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0912
ポリマ－17,0912
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8090 Å2
手法PISA
2
B: PIH1 domain-containing protein 1
E: Telomere length regulation protein TEL2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0912
ポリマ－17,0912
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.600, 81.840, 83.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PIH1 domain-containing protein 1 / Nucleolar protein 17 homolog


分子量: 15740.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIH1D1, NOP17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NWS0
#2: タンパク質・ペプチド Telomere length regulation protein TEL2 homolog


分子量: 1350.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phospho-peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4R8
#3: 水 ChemComp-HOH / water / Protein clk-2 homolog / hCLK2


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals grew from a 8 mg/ml solution of complex in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP equilibrated well solution containing 32 % w/v PEG4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8. ...詳細: Crystals grew from a 8 mg/ml solution of complex in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP equilibrated well solution containing 32 % w/v PEG4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月1日
放射モノクロメーター: 0.98 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 13120 / Num. obs: 13117 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→29.843 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 35.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 1216 5.05 %random
Rwork0.2399 ---
all0.243 ---
obs0.2413 -99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 0 33 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8022918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.328809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.54810.36441420.39382521X-RAY DIFFRACTION98
2.5481-2.66390.36571330.34652499X-RAY DIFFRACTION99
2.6639-2.80430.3851660.30832512X-RAY DIFFRACTION99
2.8043-2.97980.30431280.29552541X-RAY DIFFRACTION99
2.9798-3.20970.28821220.25582557X-RAY DIFFRACTION99
3.2097-3.53220.25291490.23012557X-RAY DIFFRACTION99
3.5322-4.04230.25331260.21122545X-RAY DIFFRACTION99
4.0423-5.08870.2031460.18622546X-RAY DIFFRACTION100
5.0887-29.84550.24981040.22332572X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6493-0.44050.15528.133-3.31284.8360.03140.1026-0.2527-0.53980.09220.4953-0.3211-0.591-0.18960.80250.00940.11380.33190.08091.304911.114862.68841.397
23.5248-0.76140.61568.5764-2.58392.56720.1113-0.23660.4150.4738-0.1193-0.1947-0.29830.05490.04150.6096-0.04070.01130.343-0.12280.738316.949259.83326.1389
35.2154-1.2267-0.95578.7127-2.28153.897-0.0231-0.61410.19990.6707-0.4491-1.0319-0.12830.42610.17460.7365-0.0477-0.03760.44960.00170.882921.409253.285510.0755
44.7478-0.80620.98874.94062.2941.8542-0.4423-0.1469-0.11990.09150.64080.05170.09680.0605-0.14210.59720.072-0.10960.35530.06161.122119.426618.2582.5127
51.6252-0.9668-0.4865.01121.78232.56310.11680.061-0.36080.2087-0.20580.4014-0.0115-0.0216-0.01210.5345-0.07930.0410.37920.0390.65713.305622.40515.3968
60.1473-0.7256-0.48454.21371.54330.9450.3771-0.551-0.13211.0125-0.2147-0.7810.4954-0.116-0.08570.8666-0.0517-0.13640.518-0.02650.802920.316615.74424.6234
71.2011-0.07750.44154.65311.57641.02670.1151-0.1836-0.50310.543-0.12470.71530.3066-0.17010.04080.6202-0.0266-0.03150.35510.010.8512.574723.01136.8887
82.6175-0.5170.72854.44781.23012.84060.1067-0.3806-0.48140.4073-0.34060.1110.2273-0.42780.09450.8062-0.05250.03060.51210.03181.07979.501928.423710.3289
93.00642.87841.16693.59270.85128.86090.51780.7270.3903-0.6029-0.0024-1.0573-0.59650.4032-0.09680.62380.0511-0.11090.85380.10841.424129.701648.27787.012
106.69440.42375.08922.0581.4989.10530.17520.5345-0.141-0.39210.02320.003-0.2745-0.03-0.3210.7368-0.04780.16190.6103-0.12111.24171.181633.55666.621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 154 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 155 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 37 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 83 through 105 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 106 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 155 through 174 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 26 through 36 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 27 through 36 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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