PDB-4psi: PIH1D1/phospho-Tel2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4psi

タイトル

PIH1D1/phospho-Tel2 complex

要素

PIH1 domain-containing protein 1
Telomere length regulation protein TEL2 homolog

キーワード

PROTEIN BINDING / alpha / beta / Phospho-binding / Tel2 / phsophorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of DNA damage checkpoint / TORC1 complex assembly / snoRNA localization / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / 'de novo' cotranslational protein folding / TTT Hsp90 cochaperone complex / pre-snoRNP complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / R2TP complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Smerdon, S.J. / Boulton, S.J. / Stach, L. / Flower, T.G. / Horejsi, Z.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Phosphorylation-Dependent PIH1D1 Interactions Define Substrate Specificity of the R2TP Cochaperone Complex.
著者: Horejsi, Z. / Stach, L. / Flower, T.G. / Joshi, D. / Flynn, H. / Skehel, J.M. / O'Reilly, N.J. / Ogrodowicz, R.W. / Smerdon, S.J. / Boulton, S.J.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4psi.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4psi.ent.gz	96.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4psi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4psfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f2c-d 4cdl-d 6cct-d 6jzw-3 2rjn-d 4k08-d 4uzv-d 1cof-d 3wsr-1 6jzw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PIH1 domain-containing protein 1

B: PIH1 domain-containing protein 1

D: Telomere length regulation protein TEL2 homolog

E: Telomere length regulation protein TEL2 homolog

34.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PIH1 domain-containing protein 1

D: Telomere length regulation protein TEL2 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PIH1 domain-containing protein 1

E: Telomere length regulation protein TEL2 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.600, 81.840, 83.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PIH1 domain-containing protein 1 / Nucleolar protein 17 homolog 分子量: 15740.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIH1D1, NOP17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NWS0
#2: タンパク質・ペプチド	Telomere length regulation protein TEL2 homolog 分子量: 1350.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phospho-peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4R8
#3: 水	ChemComp-HOH / water / Protein clk-2 homolog / hCLK2 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystals grew from a 8 mg/ml solution of complex in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP equilibrated well solution containing 32 % w/v PEG4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8. ...詳細: Crystals grew from a 8 mg/ml solution of complex in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP equilibrated well solution containing 32 % w/v PEG4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals grew from a 8 mg/ml solution of complex in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP equilibrated well solution containing 32 % w/v PEG4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月1日
放射	モノクロメーター: 0.98 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 13120 / Num. obs: 13117 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→29.843 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 35.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2684	1216	5.05 %	random
R_work	0.2399	-	-	-
all	0.243	-	-	-
obs	0.2413	-	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2109	0	0	33	2142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	2918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.328	809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.5481	0.3644	142	0.3938	2521	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5481-2.6639	0.3657	133	0.3465	2499	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6639-2.8043	0.385	166	0.3083	2512	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8043-2.9798	0.3043	128	0.2955	2541	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9798-3.2097	0.2882	122	0.2558	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2097-3.5322	0.2529	149	0.2301	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5322-4.0423	0.2533	126	0.2112	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0423-5.0887	0.203	146	0.1862	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0887-29.8455	0.2498	104	0.2233	2572	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6493	-0.4405	0.1552	8.133	-3.3128	4.836	0.0314	0.1026	-0.2527	-0.5398	0.0922	0.4953	-0.3211	-0.591	-0.1896	0.8025	0.0094	0.1138	0.3319	0.0809	1.3049	11.1148	62.6884	1.397
2	3.5248	-0.7614	0.6156	8.5764	-2.5839	2.5672	0.1113	-0.2366	0.415	0.4738	-0.1193	-0.1947	-0.2983	0.0549	0.0415	0.6096	-0.0407	0.0113	0.343	-0.1228	0.7383	16.9492	59.8332	6.1389
3	5.2154	-1.2267	-0.9557	8.7127	-2.2815	3.897	-0.0231	-0.6141	0.1999	0.6707	-0.4491	-1.0319	-0.1283	0.4261	0.1746	0.7365	-0.0477	-0.0376	0.4496	0.0017	0.8829	21.4092	53.2855	10.0755
4	4.7478	-0.8062	0.9887	4.9406	2.294	1.8542	-0.4423	-0.1469	-0.1199	0.0915	0.6408	0.0517	0.0968	0.0605	-0.1421	0.5972	0.072	-0.1096	0.3553	0.0616	1.1221	19.4266	18.258	2.5127
5	1.6252	-0.9668	-0.486	5.0112	1.7823	2.5631	0.1168	0.061	-0.3608	0.2087	-0.2058	0.4014	-0.0115	-0.0216	-0.0121	0.5345	-0.0793	0.041	0.3792	0.039	0.657	13.3056	22.4051	5.3968
6	0.1473	-0.7256	-0.4845	4.2137	1.5433	0.945	0.3771	-0.551	-0.1321	1.0125	-0.2147	-0.781	0.4954	-0.116	-0.0857	0.8666	-0.0517	-0.1364	0.518	-0.0265	0.8029	20.3166	15.7442	4.6234
7	1.2011	-0.0775	0.4415	4.6531	1.5764	1.0267	0.1151	-0.1836	-0.5031	0.543	-0.1247	0.7153	0.3066	-0.1701	0.0408	0.6202	-0.0266	-0.0315	0.3551	0.01	0.85	12.5747	23.0113	6.8887
8	2.6175	-0.517	0.7285	4.4478	1.2301	2.8406	0.1067	-0.3806	-0.4814	0.4073	-0.3406	0.111	0.2273	-0.4278	0.0945	0.8062	-0.0525	0.0306	0.5121	0.0318	1.0797	9.5019	28.4237	10.3289
9	3.0064	2.8784	1.1669	3.5927	0.8512	8.8609	0.5178	0.727	0.3903	-0.6029	-0.0024	-1.0573	-0.5965	0.4032	-0.0968	0.6238	0.0511	-0.1109	0.8538	0.1084	1.4241	29.7016	48.2778	7.012
10	6.6944	0.4237	5.0892	2.058	1.498	9.1053	0.1752	0.5345	-0.141	-0.3921	0.0232	0.003	-0.2745	-0.03	-0.321	0.7368	-0.0478	0.1619	0.6103	-0.1211	1.2417	1.1816	33.5566	6.621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 37 through 51 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 52 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 83 through 105 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 106 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 155 through 174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 26 through 36 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 27 through 36 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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