PDB-4pse: Trichoderma reesei cutinase in complex with a C11Y4 phosphonate i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pse

タイトル

Trichoderma reesei cutinase in complex with a C11Y4 phosphonate inhibitor

要素

Carbohydrate esterase family 5

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / alpha/beta hydrolase / hydrolase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cutinase / cutinase activity / carbohydrate catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichoderma reesei (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Roussel, A. / Amara, S. / Nyyssola, A. / Mateos-Diaz, E. / Blangy, S. / Kontkanen, H. / Westerholm-Parvinen, A. / Carriere, F. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A Cutinase from Trichoderma reesei with a Lid-Covered Active Site and Kinetic Properties of True Lipases.
著者: Roussel, A. / Amara, S. / Nyyssola, A. / Mateos-Diaz, E. / Blangy, S. / Kontkanen, H. / Westerholm-Parvinen, A. / Carriere, F. / Cambillau, C.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月15日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.3	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pse.cif.gz	174.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pse.ent.gz	138.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4pse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4pse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pscSC 4psdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yce-1 1jn2-d 5nq5-d 6fym-2 4cx8-1 4w8r-d 3wck-2 5v7w-2 5kdk-d 6gp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbohydrate esterase family 5

B: Carbohydrate esterase family 5

ヘテロ分子

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbohydrate esterase family 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbohydrate esterase family 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.043, 37.544, 133.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Carbohydrate esterase family 5

分子量: 26770.236 Da / 分子数: 2 / 断片: mature form, complexed / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trichoderma reesei (菌類) / 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_60489 / 発現宿主:

Trichoderma reesei (菌類) / 参照: UniProt: G0RH85

#2: 化合物

ChemComp-C11 / UNDECYL-PHOSPHINIC ACID BUTYL ESTER

分子量: 276.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₃O₂P

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: mixing 300 nl enzyme at 10 mg/ml and 30 mM betaOG with 100 nl of PEG3350 (17%), BIS-TRIS (0.1 M), pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月4日
放射	モノクロメーター: bent cylindrical mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→50 Å / Num. all: 51222 / Num. obs: 51222 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.71→1.78 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 5652 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4PSC

4psc

解像度: 1.71→47.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9061 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2343	2627	5.13 %	RANDOM
R_work	0.2199	-	-	-
obs	0.2207	51220	97.39 %	-
all	-	51220	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7128 Å²	0 Å²	0.0736 Å²
2-	-	-13.3168 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.0297 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.264 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→47.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3182	0	75	194	3451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	3338	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	4549	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	1097	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	78	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	484	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	3338	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.85
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	451	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	4239	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3196	198	5.32 %
R_work	0.3127	3523	-
all	0.313	3721	-
obs	-	-	97.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0367	0.0194	-0.0149	0.0056	0.0113	0.0288	0.0003	0.0012	-0.0012	-0.0012	0.0005	-0.0008	0.0007	0.0007	-0.0008	-0.0123	-0.0153	0.0022	0.0091	0.0025	0.0003	23.1027	6.2159	40.2502
2	0.0309	-0.0568	0.0671	0.0048	-0.2642	0.0169	-0.0001	-0.0018	-0.0014	0.0013	0.0072	-0.0014	0.0022	0.0027	-0.0071	0.0106	-0.0079	0.0073	-0.0076	0.0419	0.0016	16.2886	18.0286	39.8181
3	0.0407	-0.8729	-0.1545	0.0594	-0.3831	-0.0407	-0.0045	0.0037	0.0161	-0.0049	0.0028	0.0136	-0.0084	-0.0049	0.0017	-0.0077	0.0403	-0.0447	-0.0173	0.0469	0.0254	-3.9771	13.135	48.9891
4	0.6432	-0.7435	0.1003	0.3152	0.0061	0.1289	-0.0065	-0.0238	0.0286	-0.0355	-0.0096	0.0432	-0.0279	-0.0614	0.0161	-0.0718	-0.0223	-0.0176	-0.0249	0.0317	0.0831	-3.9167	2.2793	55.9669
5	-0.1127	-0.0223	0.5699	1.2454	-0.1621	0.2383	-0.0044	0.0263	0.0172	0.0009	0.0046	0.0006	-0.021	0.0084	-0.0003	-0.0203	-0.0478	-0.0224	-0.061	0.0177	0.0641	11.1631	7.256	54.4065
6	0.1781	0.1222	-0.091	0.7314	0.2227	-0.0244	-0.0056	-0.0268	0.0318	0.0027	0.0056	0.0051	-0.0077	-0.0239	0	-0.0169	-0.0139	-0.0176	-0.0552	0.0099	0.069	6.0008	0.8761	62.6405
7	-0.0172	-0.6909	0.5029	0.534	-0.4173	0.2538	-0.0078	0.0405	-0.0179	0.006	0.0169	-0.02	0.0201	-0.0104	-0.009	-0.0158	-0.0186	-0.0188	-0.0931	0.0061	0.1035	10.7746	-6.5396	57.8107
8	0.1275	-0.2047	0.3909	0.2111	-0.0655	0.6524	-0.0053	0.0243	-0.0187	-0.009	0.005	0.0129	0.0191	0.0089	0.0002	-0.0115	-0.0785	-0.0033	0.0297	0.008	-0.0231	4.2995	-4.1079	42.2856
9	0.0789	0.4091	0.0545	0.0334	-0.1322	0.0128	-0.0037	-0.0037	-0.001	-0.0015	0.0032	0.0084	0.0038	-0.0012	0.0005	-0.0373	-0.0554	-0.0016	0.0064	0.0268	0.0315	-4.6826	-10.482	58.625
10	0.0206	-0.0083	-0.0164	0	-0.021	-0.0045	-0.0001	-0.0001	0.0007	-0.0005	-0.0003	0.0004	-0.0014	-0.0005	0.0004	-0.0009	0.0014	0.0011	0.006	-0.0005	0.001	-11.0164	7.2065	24.0143
11	0.017	0.0161	0.0349	0.0179	-0.0035	0.0881	-0.0002	0.0014	-0.0004	-0.0009	0.0009	0.0002	0.0023	0.0017	-0.0007	0.0098	0.0012	-0.0008	0.0087	-0.0056	0.0043	-2.5824	17.4497	28.9564
12	0.0374	0.0851	0.009	0.0049	-0.0333	0.0323	-0.0004	0.0003	0.001	0.0017	0.0011	-0.0032	-0.0019	0.0008	-0.0007	0.0032	-0.004	0.0019	0.0027	-0.0006	-0.0085	18.4331	11.4108	22.1858
13	0.0479	-0.4767	0.0346	0.0001	-0.6017	0.4647	0.0004	0.004	-0.0077	0.0037	0.0069	-0.0216	-0.0084	0.0014	-0.0074	0.0106	0.0005	0.0196	0.0348	0.0126	-0.0676	18.6154	3.0628	11.8986
14	0.0369	-0.1574	0.1295	0	-0.1595	0.2103	-0.0005	0.0014	0.0045	-0.0072	0	0.0038	-0.0063	0.0006	0.0006	-0.0001	0.0123	0.0044	0.0121	0.0111	-0.0201	4.1301	10.2901	12.5877
15	0.5057	-0.1191	0.5199	0.0312	-0.0001	0.3796	-0.0024	-0.0142	0.0135	-0.0013	0.0002	-0.0043	-0.0008	-0.0064	0.0023	0.0141	0.0073	0.0071	0.0392	0.0102	-0.0629	10.1207	5.7066	3.8374
16	0.1763	0.342	0.1979	0	0.1382	0.1732	0.0005	0.0017	0.0026	-0.0003	-0.0012	0.01	0.0028	-0.0003	0.0007	0.0175	-0.025	-0.004	0.0261	-0.0121	-0.0532	3.5613	-1.6885	5.0006
17	0.0462	0.2698	0.0494	0	0.054	0.2273	-0.0001	-0.0045	-0.0045	-0.0019	-0.0022	0.0038	0.0086	-0.0012	0.0022	0.0279	-0.0213	0.0021	0.0226	-0.0206	-0.061	6.5394	-5.2055	21.3817
18	-0.0011	-0.0327	0.0037	0.0174	0.0098	0.0052	0.0001	0.0008	-0.0014	0.0009	0.0003	-0.0008	0.0004	-0.0003	-0.0005	0.0047	0.0054	0.0052	0.0018	-0.0037	-0.0077	18.1261	-8.1966	6.5355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|31 - A\|43}	A	31 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|44 - A\|55}	A	44 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|56 - A\|78}	A	56 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|79 - A\|116}	A	79 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|117 - A\|143}	A	117 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|144 - A\|170}	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|171 - A\|206}	A	171 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|207 - A\|236}	A	207 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|237 - A\|249}	A	237 - 249
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|31 - B\|43}	B	31 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|44 - B\|55}	B	44 - 55
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|56 - B\|78}	B	56 - 78
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|79 - B\|116}	B	79 - 116
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|117 - B\|143}	B	117 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|144 - B\|170}	B	144 - 170
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|171 - B\|206}	B	171 - 206
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|207 - B\|236}	B	207 - 236
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|237 - B\|248}	B	237 - 248

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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