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- PDB-4psd: Structure of Trichoderma reesei cutinase native form. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psd
タイトルStructure of Trichoderma reesei cutinase native form.
要素Carbohydrate esterase family 5
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / cutinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cutinase / cutinase activity / carbohydrate catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase, monofunctional / Cutinase, aspartate and histidine active sites / Cutinase, serine active site / Cutinase, serine active site. / Cutinase, aspartate and histidine active sites. / Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Cutinase, monofunctional / Cutinase, aspartate and histidine active sites / Cutinase, serine active site / Cutinase, serine active site. / Cutinase, aspartate and histidine active sites. / Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Roussel, A. / Amara, S. / Nyyssola, A. / Mateos-Diaz, E. / Blangy, S. / Kontkanen, H. / Westerholm-Parvinen, A. / Carriere, F. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A Cutinase from Trichoderma reesei with a Lid-Covered Active Site and Kinetic Properties of True Lipases.
著者: Roussel, A. / Amara, S. / Nyyssola, A. / Mateos-Diaz, E. / Blangy, S. / Kontkanen, H. / Westerholm-Parvinen, A. / Carriere, F. / Cambillau, C.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32014年12月17日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate esterase family 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7701
ポリマ－26,7701
非ポリマー00
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.930, 148.930, 29.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate esterase family 5


分子量: 26770.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma reesei (菌類) / 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_60489 / 発現宿主: Trichoderma reesei (菌類) / 参照: UniProt: G0RH85
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 300 nl enzyme at 10 mg/ml with 100 nl PEG8000 (30%), Sodium Acetate (200 mM), Sodium Cacodylate (0.1 M), pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator and a new torodial focusing mirror.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 66100 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 16.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.52→1.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4PSC

4psc


解像度: 1.52→48.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9469 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9403 / SU R Cruickshank DPI: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1733 2845 4.97 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
obs0.163 66100 99.08 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4443 Å20 Å20 Å2
2---3.4443 Å20 Å2
3---6.8886 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.174 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1633 0 0 405 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091672HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972287HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0533SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes041HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0247HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it01672HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.91
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0225SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact02363SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 201 5.37 %
Rwork0.2156 3545 -
all0.217 3746 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00040.02530.01530.05660.031200.000200.0004-0.0005-0.0002-0.0012-0.00090.0006-0.0001-0.0004-0.0052-0.0083-0.0042-0.01630.005660.468570.320423.9754
20.1228-0.0860.0053-0.0603-0.09730.02050.002-0.00040.0005-0.0033-0.0039-0.0065-0.0027-0.00420.002-0.01180.03560.00330.02920.0012-0.011845.874869.843115.637
30.32650.0489-0.20060.0273-0.08080.0087-0.00210.00510.006-0.0003-0.0016-0.0014-0.00350.00880.0036-0.01560.01020.0039-0.00480.00070.022262.555362.733413.7061
40.23570.1757-0.52690.3726-0.14450.36820.0063-0.01-0.0082-0.0042-0.0157-0.014-0.01490.01780.0094-0.03260.0410.00060.01010.00310.012261.565553.457219.5276
5-0.0562-0.01970.05150.2366-0.06250.6331-0.00450.0047-0.0037-0.00430.0057-0.00490.0063-0.0171-0.0012-0.0250.04370.00340.0366-0.0045-0.01547.823351.677111.4385
60.2088-0.02290.37230.1734-0.11610.5154-0.00270.00510.0057-0.0087-0.0033-0.00210.0242-0.01140.0060.00110.05360.01650.00610.0088-0.009455.273243.950315.5284
70.0295-0.07310.11650.1667-0.08310.0721-0.00450.002-0.00550.00020.00240.00450.025-0.01820.00210.00780.02760.0120.01260.0044-0.015747.960743.207722.5145
80.1536-0.1076-0.23250.07240.00630.5968-0.00520.0036-0.00010.0049-0.0001-0.0096-0.0017-0.01550.0054-0.0180.05520.00080.0351-0.0046-0.01848.004459.729227.524
90.0342-0.03330.05830.0129-0.03810.018-0.001-0.00210.00190.0007-0.0004-0.00120.0026-0.00190.0014-0.01730.0321-0.00350.02290.0081-0.002862.597842.094629.6818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|31 - A|45}A31 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2{A|46 - A|60}A46 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3{A|61 - A|78}A61 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4{A|79 - A|116}A79 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5{A|117 - A|143}A117 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6{A|144 - A|170}A144 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7{A|171 - A|206}A171 - 206
8X-RAY DIFFRACTION8{A|207 - A|236}A207 - 236
9X-RAY DIFFRACTION9{A|237 - A|252}A237 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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