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- PDB-4psb: Crystal Structure of Phytohormone Binding Protein from Vigna radi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psb
タイトルCrystal Structure of Phytohormone Binding Protein from Vigna radiata in complex with gibberellic acid (GA3)
要素Cytokinin-specific binding protein
キーワードPLANT PROTEIN / Cytokinin Specific Binding Protein (CSBP) / PR-10 FOLD / GIBBERELLIN / CYTOKININ / PLANT HORMONE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin binding / gibberellin binding / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GIBBERELLIN A3 / Phytohormone-binding protein CSBP / Phytohormone-binding protein CSBP
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Specific binding of gibberellic acid by Cytokinin-Specific Binding Proteins: a new aspect of plant hormone-binding proteins with the PR-10 fold.
著者: Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Ciesielska, A. / Barciszewski, J. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin.
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine.
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The landscape of cytokinin binding by a plant nodulin.
著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin.
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: Structural and functional aspects of PR-10 proteins.
著者: Fernandes, H. / Michalska, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9592
ポリマ－17,6131
非ポリマー3461
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.380, 54.290, 71.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytokinin-specific binding protein


分子量: 17612.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 遺伝子: vrphbp / プラスミド: PET 3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9ZWP8, UniProt: A0A1S3THR8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GA3 / GIBBERELLIN A3 / (1S,2S,4aR,4bR,7S,9aS,10S,10aR)-2,7-dihydroxy-1-methyl-8-methylidene-13-oxo-1,2,4b,5,6,7,8,9,10,10a-decahydro-4a,1-(epo xymethano)-7,9a-methanobenzo[a]azulene-10-carboxylic acid / ジベレリン酸


分子量: 346.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22O6 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M MMT buffer pH 4.0, 25% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97551 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97551 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→35.14 Å / Num. all: 24476 / Num. obs: 24350 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 18.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.42-1.460.521.98199.3
1.46-1.50.4212.48199.7
1.5-1.540.3752.89199.3
1.54-1.590.3053.77199.6
1.59-1.640.274.32199.5
1.64-1.70.2515.11199.4
1.7-1.760.26.48199.3
1.76-1.830.1857.57199.6
1.83-1.910.1439.15199.6
1.91-2.010.12711.18199.6
2.01-2.120.11512.75198.7
2.12-2.250.10514.43199.3
2.25-2.40.09415.54199.6
2.4-2.590.09516.24199.4
2.59-2.840.08616.95199.6
2.84-3.180.08117.81199.5
3.18-3.670.0718.87199.7
3.67-4.490.06119.21199.8
4.49-6.350.05218.981100
6.35-35.140.04320.51199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FLH

2flh


解像度: 1.42→35.14 Å / SU ML: 0.18 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 1023 4.2 %
Rwork0.152 --
obs0.1543 24350 99.5 %
all-24476 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1225 0 25 140 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9111815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.854495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.49490.32061450.23343316X-RAY DIFFRACTION100
1.4949-1.58850.29991450.20733302X-RAY DIFFRACTION99
1.5885-1.71120.28431460.19623338X-RAY DIFFRACTION99
1.7112-1.88340.23591460.17853319X-RAY DIFFRACTION99
1.8834-2.15590.2381450.15593320X-RAY DIFFRACTION99
2.1559-2.7160.22311460.15293328X-RAY DIFFRACTION99
2.716-35.140.15351500.12773404X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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