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- PDB-4prl: Crystal structure of D-lactate dehydrogenase with NAD+ from Lacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4prl
タイトルCrystal structure of D-lactate dehydrogenase with NAD+ from Lactobacillus jensenii
要素4-phosphoerythronate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / NAD
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus jensenii (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, S. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and thermodynamic properties of d-lactate dehydrogenase from Lactobacillus jensenii.
著者: Kim, S. / Gu, S.A. / Kim, Y.H. / Kim, K.J.
履歴
登録2014年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-phosphoerythronate dehydrogenase
B: 4-phosphoerythronate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5284
ポリマ－74,2012
非ポリマー1,3272
水52229
1
A: 4-phosphoerythronate dehydrogenase
B: 4-phosphoerythronate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 4-phosphoerythronate dehydrogenase
B: 4-phosphoerythronate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,0568
ポリマ－148,4024
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area18290 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area52490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.714, 90.714, 158.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 4-phosphoerythronate dehydrogenase


分子量: 37100.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus jensenii (乳酸菌) / 遺伝子: pdxB, LBJG_01197 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C5G4U0, 4-phosphoerythronate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % / Mosaicity: 0.72 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 400, Tris-HCl, MgSO4, NADH, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月8日 / 詳細: Rh coated Torroidal Mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.18 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23041 / % possible obs: 96.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.055098.310.0382.2725.5
5.67.0598.310.0491.2655.5
4.895.698.510.0541.4775.7
4.454.8998.810.0561.6035.7
4.134.4598.710.061.5745.6
3.884.139910.0731.4925.3
3.693.8897.810.081.3425.2
3.533.6998.110.0941.1654.9
3.393.5397.510.1151.0594.7
3.283.3997.810.130.9344.5
3.173.2897.210.1510.9164.3
3.083.1796.710.170.8364
33.0895.410.2030.7573.8
2.9339410.2170.6593.5
2.862.9396.110.2360.6723.6
2.82.8694.610.2440.6053.3
2.742.894.310.2710.5953.2
2.692.7493.810.2940.63.1
2.642.6992.810.2940.553
2.62.6490.910.3090.5442.9
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 23041 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 40.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.642.90.30910560.54490.9
2.64-2.6930.29410920.5592.8
2.69-2.743.10.29410980.693.8
2.74-2.83.20.27111050.59594.3
2.8-2.863.30.24411310.60594.6
2.86-2.933.60.23611240.67296.1
2.93-33.50.21710890.65994
3-3.083.80.20311280.75795.4
3.08-3.1740.1711270.83696.7
3.17-3.284.30.15111640.91697.2
3.28-3.394.50.1311540.93497.8
3.39-3.534.70.11511531.05997.5
3.53-3.694.90.09411661.16598.1
3.69-3.885.20.0811681.34297.8
3.88-4.135.30.07312001.49299
4.13-4.455.60.0611821.57498.7
4.45-4.895.70.05611851.60398.8
4.89-5.65.70.05412001.47798.5
5.6-7.055.50.04912211.26598.3
7.05-505.50.03812982.27298.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PRK

4prk


解像度: 2.6→30.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 14.649 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.304 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 1178 5.1 %RANDOM
Rwork0.2106 ---
all0.264 22940 --
obs0.2279 21762 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.07 Å2 / Biso mean: 51.361 Å2 / Biso min: 21.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20.3 Å20 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 88 29 5209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9967156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.811311838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3595658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92825.327214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.86715932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0021518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.714.9292638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7054.9262637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3367.3793294
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 87 -
Rwork0.311 1496 -
all-1583 -
obs--91.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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