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- PDB-4prj: Aurora A kinase domain with compound 2 (N-[1-(3-cyanobenzyl)-1H-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4prj
タイトルAurora A kinase domain with compound 2 (N-[1-(3-cyanobenzyl)-1H-pyrazol-4-yl]-6-(1H-pyrazol-4-yl)-1H-indazole-3-carboxamide)
要素Aurora kinase A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / phospho-transfer / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / meiotic spindle / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / cell division / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Aurora kinase A / Aurora kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2VU / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ultsch, M. / Eigenbrot, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Property- and structure-guided discovery of a tetrahydroindazole series of interleukin-2 inducible T-cell kinase inhibitors.
著者: Burch, J.D. / Lau, K. / Barker, J.J. / Brookfield, F. / Chen, Y. / Chen, Y. / Eigenbrot, C. / Ellebrandt, C. / Ismaili, M.H. / Johnson, A. / Kordt, D. / MacKinnon, C.H. / McEwan, P.A. / ...著者: Burch, J.D. / Lau, K. / Barker, J.J. / Brookfield, F. / Chen, Y. / Chen, Y. / Eigenbrot, C. / Ellebrandt, C. / Ismaili, M.H. / Johnson, A. / Kordt, D. / MacKinnon, C.H. / McEwan, P.A. / Ortwine, D.F. / Stein, D.B. / Wang, X. / Winkler, D. / Yuen, P.W. / Zhang, Y. / Zarrin, A.A. / Pei, Z.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5472
ポリマ－31,1391
非ポリマー4081
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.973, 81.973, 163.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Aurora kinase A / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor- ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 31138.855 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 124-391) / 変異: K124A/Q154N/A203S/R251K/T287A/T288A/E336D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2VU / N-[1-(3-cyanobenzyl)-1H-pyrazol-4-yl]-6-(1H-pyrazol-4-yl)-1H-indazole-3-carboxamide / N-[1-(3-シアノベンジル)-1H-ピラゾ-ル-4-イル]-6-(1H-ピラゾ-ル-4-イル)-1H-インダゾ-ル(以下略)


分子量: 408.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H16N8O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% w/v PEG1500, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.15 Å / Num. all: 8532 / Num. obs: 8498 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 86.43 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MQ4

1mq4


解像度: 2.8→43.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9243 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU R Cruickshank DPI: 2.66 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ATOMIC PLUS TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.384 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.382 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 598 7.04 %RANDOM
Rwork0.2293 ---
obs0.2325 8498 99.57 %-
all-8532 --
原子変位パラメータBiso mean: 86.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6209 Å20 Å20 Å2
2--12.6209 Å20 Å2
3----25.2419 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.519 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 31 0 2094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082147HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972901HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d754SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes308HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2147HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion260SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2356SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.13 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3469 162 6.98 %
Rwork0.2502 2159 -
all0.2567 2321 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88990.914-1.78022.78320.81440.3518-0.05540.2188-0.1178-0.16330.2117-0.32340.26090.3468-0.15630.15150.20880.1613-0.1964-0.00510.14461.1267.643513.0549
23.58170.3746-1.32124.2982-1.98162.6632-0.06630.1519-0.0474-0.6492-0.03770.38290.1209-0.24950.104-0.0770.0428-0.1023-0.2104-0.0095-0.0138.3844-0.326421.7399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|125 - A|209}A125 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2{A|210 - A|388 A|401 - A|401}A210 - 388
3X-RAY DIFFRACTION2{A|210 - A|388 A|401 - A|401}A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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