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- PDB-4pqo: Structure of the human SNX14 PX domain in space group I41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pqo
タイトルStructure of the human SNX14 PX domain in space group I41
要素Sorting nexin-14
キーワードPROTEIN TRANSPORT / sorting nexin / phox homology domain / phosphoinositide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / autophagosome maturation / phosphatidylinositol binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / postsynapse / lysosome / lysosomal membrane ...phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / autophagosome maturation / phosphatidylinositol binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / postsynapse / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-14, PX domain / SNX14, RGS domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / Phox-like domain / PX Domain ...Sorting nexin-14, PX domain / SNX14, RGS domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Mas, C. / Norwood, S. / Bugarcic, A. / Kinna, G. / Leneva, N. / Kovtun, O. / Teasdale, R. / Collins, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Different Phosphoinositide Specificities of the PX Domains of Sorting Nexins Regulating G-protein Signaling.
著者: Mas, C. / Norwood, S.J. / Bugarcic, A. / Kinna, G. / Leneva, N. / Kovtun, O. / Ghai, R. / Ona Yanez, L.E. / Davis, J.L. / Teasdale, R.D. / Collins, B.M.
履歴
登録2014年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2271
ポリマ－15,2271
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.840, 86.840, 74.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-14 / SNX14


分子量: 15227.159 Da / 分子数: 1 / 断片: PX domain (UNP residues 561-686) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5W7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M ammonium citrate tribasic, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→61.405 Å / Num. all: 9092 / Num. obs: 9067 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.9
反射 シェル最高解像度: 2.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→22.098 Å / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 432 4.76 %
Rwork0.1834 --
obs0.1882 9067 99.89 %
all-9075 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→22.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数892 0 0 23 915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.261242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.77342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.92030.30261650.30512810X-RAY DIFFRACTION94
2.9203-3.67570.22741310.21222871X-RAY DIFFRACTION96
3.6757-20.26690.18551360.15182921X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7876-2.95133.9964.0211-1.63496.34080.3097-0.2469-0.1235-0.10080.20870.18270.06040.0823-0.42480.23020.03010.08960.3289-0.08160.395435.265951.600313.9911
24.095-1.3473-0.26145.29890.44594.83440.0395-0.16620.0546-0.17130.13010.39530.2015-0.3182-0.15830.19950.0204-0.0710.298-0.0250.45228.009452.279611.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 562:630)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 631:686)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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