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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pqi
タイトルCrystal structure of glutathione transferase lambda3 from Populus trichocarpa
要素In2-1 family protein, glutathione transferase lambda3
キーワードTRANSFERASE / GST fold / Thiol-tansferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lallement, P.A. / Meux, E. / Gualberto, J.M. / Prosper, P. / Didierjean, C. / Haouz, A. / Saul, F. / Rouhier, N. / Hecker, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structural and enzymatic insights into Lambda glutathione transferases from Populus trichocarpa, monomeric enzymes constituting an early divergent class specific to terrestrial plants.
著者: Lallement, P.A. / Meux, E. / Gualberto, J.M. / Prosper, P. / Didierjean, C. / Saul, F. / Haouz, A. / Rouhier, N. / Hecker, A.
履歴
登録2014年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: In2-1 family protein, glutathione transferase lambda3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9595
ポリマ－27,5321
非ポリマー4284
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.524, 77.013, 82.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 In2-1 family protein, glutathione transferase lambda3


分子量: 27531.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
遺伝子: POPTR_0006s13580g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5G7B9
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS HAVE CLARIFIED THAT DISCREPANCIES IN SEQUENCE ARE DUE TO ALTERNATIVE SPLICING EVENTS ...AUTHORS HAVE CLARIFIED THAT DISCREPANCIES IN SEQUENCE ARE DUE TO ALTERNATIVE SPLICING EVENTS (RESIDUES 2 TO 6) AND TO POLYMORPHISM (RESIDUES 156 AND 202)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (w/v) PEG4000, 200 mM calcium chloride and 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28255 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月20日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28255 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.51 Å / Num. all: 19546 / Num. obs: 19546 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Proxima1 SOLEILデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QAG

3qag


解像度: 1.95→38.507 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 1013 5.18 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.183 19546 97.9 %-
all-19546 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 23 126 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1082756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.661766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9502-2.0530.32341500.26612513X-RAY DIFFRACTION96
2.053-2.18160.30091470.24062602X-RAY DIFFRACTION98
2.1816-2.350.28161260.2112621X-RAY DIFFRACTION98
2.35-2.58650.23471440.20992639X-RAY DIFFRACTION98
2.5865-2.96060.25871220.20222668X-RAY DIFFRACTION98
2.9606-3.72960.24611580.17492669X-RAY DIFFRACTION98
3.7296-38.5140.17161660.14922819X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.72990.56-0.12721.39280.31562.1786-0.13870.21810.4543-0.233-0.09760.5048-0.3281-0.40450.2260.31260.0412-0.09220.3220.00720.4194-24.8738-3.80862.0519
21.32370.77460.39852.31371.19631.9881-0.18240.06560.1058-0.23960.03810.1543-0.16690.12390.12220.30230.0081-0.04930.35130.01980.3048-17.3276-6.015.4612
35.19453.1706-1.02785.3422-0.5333.432-0.36070.22830.0228-0.14730.1885-0.47240.33811.06150.05190.41-0.0163-0.03620.62060.0210.3419-2.01122.965318.6871
42.49540.37560.93552.74270.7013.29890.0062-0.3298-0.00470.4612-0.24420.2001-0.16230.13790.21890.38140.00380.01640.3803-0.05850.3203-12.78631.606727.977
51.20460.35420.36072.264-0.35291.72660.0075-0.03740.32370.345-0.10880.7824-0.2219-0.42040.08930.38790.00520.06270.4057-0.08870.4982-20.99564.162926.3739
63.19281.6817-1.77663.5445-1.79464.7376-0.32610.04510.17250.06990.19861.04910.2294-0.91230.22980.4428-0.01380.03220.5551-0.15370.6998-29.1681-2.287619.8308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 117 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 129 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 130 through 176 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 217 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 218 through 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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