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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pq8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Engineered Protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR465 | ||||||
要素 | DESIGNED PROTEIN OR465 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.833 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Park, K. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. ...Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Park, K. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Engineered Protein OR465. 著者: Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Park, K. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pq8.cif.gz | 107.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pq8.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/4pq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/4pq8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3rfjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer,31.3 kD,96.8% |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30077.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: OR465-15.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 6 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Crystallization cocktail: 40% PEG 4000, 0.1M potassium phosphate monobasic, 0.1M MES, pH 6.0, Microbatch ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Crystallization cocktail: 40% PEG 4000, 0.1M potassium phosphate monobasic, 0.1M MES, pH 6.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97908 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 23943 / Num. obs: 23751 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 16.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 48.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 2367 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3RFJ 解像度: 1.833→41.97 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 16.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.025 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.82 Å2 / Biso mean: 22.045 Å2 / Biso min: 5.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.833→41.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 36.5882 Å / Origin y: 10.4612 Å / Origin z: 0.0628 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |