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万見
- PDB-4ppr: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis D,D-peptidase Rv3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ppr
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis D,D-peptidase Rv3330 in complex with meropenem
要素Penicillin-binding protein DacB1
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Penicillin-binding protein / Peptidoglycan D / D-peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine-type carboxypeptidases / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MER / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Prigozhin, D.M. / Huizar, J.P. / Mavrici, D. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Subfamily-specific adaptations in the structures of two penicillin-binding proteins from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Prigozhin, D.M. / Krieger, I.V. / Huizar, J.P. / Mavrici, D. / Waldo, G.S. / Hung, L.W. / Sacchettini, J.C. / Terwilliger, T.C. / Alber, T.
履歴
登録2014年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein DacB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1002
ポリマ－34,7151
非ポリマー3851
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.291, 76.291, 99.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21A-536-

HOH

31A-568-

HOH

41A-577-

HOH

51A-586-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein DacB1


分子量: 34714.801 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: rv3330, RVBD_3330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53380
#2: 化合物 ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form


分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.23
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, 1.7 M ammonium sulfate, pH 7.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月22日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.5 Å / Num. all: 20631 / Num. obs: 20630 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2014 / Rsym value: 0.804 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BCF

2bcf
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→47.5 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 1031 5.01 %
Rwork0.1844 --
obs0.1856 20594 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 0 26 144 2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8763143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.98824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10530.29071430.22072729X-RAY DIFFRACTION99
2.1053-2.23720.24051460.20312731X-RAY DIFFRACTION100
2.2372-2.40990.24291440.2042746X-RAY DIFFRACTION100
2.4099-2.65240.25091440.2062764X-RAY DIFFRACTION100
2.6524-3.03620.23431460.20582786X-RAY DIFFRACTION100
3.0362-3.8250.19841510.17062826X-RAY DIFFRACTION100
3.825-47.50.17391570.16672981X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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