PDB-4pou: VHH-metal in Complex with RNase A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pou

タイトル

VHH-metal in Complex with RNase A

要素

Ribonuclease pancreatic
VHH Antibody

キーワード

Hydrolase/Immune System / Hydrolase-Immune System complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fanning, S.W. / Walter, R. / Horn, J.R.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of an engineered dual-specific antibody: conformational diversity leads to a hypervariable loop metal-binding site.
著者: Fanning, S.W. / Walter, R. / Horn, J.R.

履歴

登録	2014年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pou.cif.gz	60.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pou.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pou_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pou_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	4pou_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	4pou_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4poyC 4pptC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r9h-2 2p42-1 4r9h-1 3ggz-2 2p49-d 1szi-d 2p4a-2 3qsk-d 6sus-d 4ra3-2 2p48-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: VHH Antibody

26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.425, 54.745, 43.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 抗体	VHH Antibody 分子量: 12998.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.08 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3,350, 0.1M Bis-Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→50 Å / Num. all: 184624 / Num. obs: 51284 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→21.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 2.794 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22987	890	5 %	RANDOM
R_work	0.18214	-	-	-
obs	0.18457	16888	98.63 %	-
all	-	50778	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.571 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→21.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1826	0	0	86	1912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.933	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.528	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.378	24.118	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.78	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.71	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.021	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	63	-
R_work	0.184	1215	-
obs	-	-	99.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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