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- PDB-4pn8: A de novo designed pentameric coiled coil CC-Pent. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pn8
タイトルA de novo designed pentameric coiled coil CC-Pent.
要素CC-Pent
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha-helical barrel / coiled coil / protein design
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wood, C.W. / Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council340764 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/J001430/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J008990/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Computational design of water-soluble alpha-helical barrels.
著者: Thomson, A.R. / Wood, C.W. / Burton, A.J. / Bartlett, G.J. / Sessions, R.B. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conf
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance
改定 2.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Pent
B: CC-Pent
C: CC-Pent
D: CC-Pent
E: CC-Pent
F: CC-Pent
G: CC-Pent
H: CC-Pent
I: CC-Pent
J: CC-Pent


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33410
ポリマ－36,33410
非ポリマー00
水2,306128
1
A: CC-Pent
B: CC-Pent
C: CC-Pent
D: CC-Pent
E: CC-Pent


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1675
ポリマ－18,1675
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8190 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
2
F: CC-Pent
G: CC-Pent
H: CC-Pent
I: CC-Pent
J: CC-Pent


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1675
ポリマ－18,1675
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.500, 55.580, 61.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Pent


分子量: 3633.387 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 10 % w/v PEG 5000 MME, 12% w/v 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.74 Å / Num. obs: 24003 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.197 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.735 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1198 5 %Random selection
Rwork0.1978 ---
obs0.2001 23954 94.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2556 0 0 128 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8823413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.71059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.08010.26741080.22572552X-RAY DIFFRACTION96
2.0801-2.17480.25741160.19862551X-RAY DIFFRACTION95
2.1748-2.28940.25041250.20512589X-RAY DIFFRACTION97
2.2894-2.43280.27621120.20252537X-RAY DIFFRACTION96
2.4328-2.62050.27461390.20152503X-RAY DIFFRACTION95
2.6205-2.8840.25571330.21612525X-RAY DIFFRACTION95
2.884-3.30090.24641560.20572501X-RAY DIFFRACTION94
3.3009-4.1570.22571660.17712495X-RAY DIFFRACTION94
4.157-29.73870.2021430.19112503X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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