PDB-4pn7: Crystal Structure of the TFIIH p34 N-terminal Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pn7

タイトル

Crystal Structure of the TFIIH p34 N-terminal Domain

要素

Putative transcription factor

キーワード

TRANSCRIPTION / vWA Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / nucleotide-excision repair / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Schmitt, D.R. / Kuper, J. / Elias, A. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Structure of the TFIIH p34 Subunit Reveals a Von Willebrand Factor A Like Fold.
著者: Schmitt, D.R. / Kuper, J. / Elias, A. / Kisker, C.

履歴

登録	2014年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pn7.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pn7.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4h7m-2 4tlf-3 4tlf-1 6fym-1 5ev6-3 5fmr-1 5u3e-d 4wvz-1 3n3h-d 5zgv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative transcription factor

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	257.110, 257.110, 257.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- HOH

#1: タンパク質	Putative transcription factor / TFIIH Subunit p34 分子量: 31972.957 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Domain (UNP residues 1-277) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0004460 / プラスミド: pBADM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: G0RXV8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative transcription factor / TFIIH Subunit p34

分子量: 31972.957 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Domain (UNP residues 1-277) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0004460 / プラスミド: pBADM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: G0RXV8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystals grew from protein solution in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl and 1 mM TCEP over a reservoir containing the protein buffer including 50 - 500 mM NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.91985 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月1日

放射

モノクロメーター: Channel-Cut Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91985 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.801→148.443 Å / Num. all: 18512 / Num. obs: 18512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 70.5 % / B_iso Wilson estimate: 94.32 Å² / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.155 / R_sym value: 0.153 / Net I/av σ(I): 2.159 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 1305233

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.8-2.95	76.8	2.598	0.3	201698	2625	0.297	2.598	2.9	100
2.95-3.13	74.9	1.605	0.4	186575	2490	0.186	1.605	4.6	100
3.13-3.35	69.1	0.797	0.9	163269	2362	0.096	0.797	8.6	100
3.35-3.61	76.7	0.409	1.7	169131	2206	0.047	0.409	16.5	100
3.61-3.96	71.5	0.227	2.8	145725	2037	0.027	0.227	25.5	100
3.96-4.43	70.2	0.132	4.6	130729	1861	0.016	0.132	35.4	100
4.43-5.11	70.1	0.096	6.4	116603	1663	0.012	0.096	40.6	100
5.11-6.26	64.5	0.098	6.1	92100	1427	0.013	0.098	38.9	100
6.26-8.85	56.7	0.064	8	64453	1136	0.009	0.064	38.3	100
8.85-77.522	49.6	0.064	4.5	34950	705	0.01	0.064	38.1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.801→77.522 Å / FOM work R set: 0.8305 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	956	5.17 %	Free R value set from data that resulted in the model used for MR.
R_work	0.2187	17530	-	-
obs	0.2197	18486	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 284.6 Å² / B_iso mean: 96.5 Å² / B_iso min: 61.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.801→77.522 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1573	0	0	5	1578
B_iso mean	-	-	-	88.86	-
残基数	-	-	-	-	209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.783	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.028	558

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.8006-2.9483	0.2818	140	0.2627	2429	2569
2.9483-3.133	0.3333	131	0.2665	2450	2581
3.133-3.3749	0.2647	131	0.2464	2454	2585
3.3749-3.7146	0.2359	145	0.2299	2456	2601
3.7146-4.252	0.2421	132	0.2013	2501	2633
4.252-5.3569	0.2301	134	0.1855	2539	2673
5.3569-77.5513	0.2229	143	0.231	2701	2844

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.7199	-5.7206	2.7878	4.1852	-3.6411	6.6278	0.2421	1.4262	1.9418	0.2637	-1.083	-0.8225	-0.6204	0.0088	0.4146	0.6588	-0.0754	0.0303	0.8219	0.0249	1.2308	-21.0794	-4.7109	46.123
2	5.4518	-4.1459	4.4597	6.9364	-0.1942	6.1923	-0.2779	-0.4675	-0.8537	0.4694	0.6355	-0.1231	0.6741	-0.9404	-0.0285	0.8476	-0.1308	0.0871	0.7413	0.1047	0.9842	-14.8279	-25.9705	59.5002
3	9.7275	-6.3426	5.5298	4.5194	-3.5081	7.7635	0.1072	-0.2343	-0.888	0.3987	0.5618	0.4586	0.481	-1.6489	-0.4763	0.6137	-0.1338	0.0073	0.8856	-0.0032	0.972	-25.4822	-16.881	49.3785
4	2.3871	-1.7284	1.6154	8.5303	-1.4817	5.5776	0.0931	1.1155	0.1924	-0.3636	-0.3059	-0.1571	0.1085	0.1005	0.2019	0.6139	-0.1725	0.1144	0.906	-0.0073	0.8858	-15.3442	-13.4103	44.5509
5	4.6596	-4.1175	4.2609	3.8612	-2.8701	8.6564	0.371	2.7693	0.2142	-1.5012	-0.866	-0.1598	0.7198	-0.7859	0.0893	0.8098	-0.0875	0.0511	1.3753	0.0177	0.9064	-20.3885	-18.7952	39.9045
6	3.7546	-1.1797	-1.3853	2.2009	-0.8716	8.1487	0.6481	0.1674	0.2639	0.0216	-0.3624	-2.0221	0.2694	-0.276	0.3666	0.9288	-0.1141	-0.0575	0.7804	0.1293	1.2957	-4.0618	-26.4411	53.3562
7	3.0533	1.6808	-0.768	4.2642	0.672	2.4596	-0.0144	0.421	0.918	-0.0367	0.0542	-0.3057	-0.1779	-0.2264	0.0022	0.67	-0.0821	0.0002	0.7991	0.1537	1.3592	-9.3537	-4.0525	47.4729
8	8.1546	3.6463	-2.2106	2.686	0.0274	7.9077	0.7124	-0.538	0.9855	1.9242	-0.4294	-1.1554	-0.2537	0.4353	-0.2566	0.6984	-0.0759	-0.0697	0.7552	-0.1521	1.0844	-11.3188	-7.9861	59.7942
9	3.8534	0.8092	-3.2053	3.2182	1.4452	4.095	1.3849	-1.1829	1.2462	1.402	-1.0983	-0.5495	-0.3918	-0.1862	-0.3328	0.8954	-0.2313	0.0899	0.8774	0.0058	1.0516	-14.2492	-3.8768	61.9185
10	3.6755	4.3875	1.4875	6.2167	3.3398	2.8318	-0.0216	-0.1871	0.4667	0.8678	0.1469	1.3057	0.1313	-1.5841	-0.4299	0.6475	-0.1498	0.1682	1.0974	-0.0318	0.9451	-25.5983	-14.2276	60.4571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 17 through 30 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 44 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 61 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 82 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 126 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 127 through 141 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 230 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 231 through 250 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 251 through 260 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 261 through 274 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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