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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pn0 | ||||||
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タイトル | Structure of S. pombe Pct1 RNA triphosphatase | ||||||
要素 | mRNA-capping enzyme subunit beta | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mRNA triphosphatase / polynucleotide 5' triphosphatase / mRNA processing / mRNA capping / dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 7-methylguanosine RNA capping / polynucleotide 5' dephosphorylation / mRNA capping enzyme complex / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / 7-methylguanosine mRNA capping / ATP hydrolysis activity / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lima, C.D. / Doamekpor, S.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2015 タイトル: Fission yeast RNA triphosphatase reads an Spt5 CTD code. 著者: Doamekpor, S.K. / Schwer, B. / Sanchez, A.M. / Shuman, S. / Lima, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pn0.cif.gz | 223.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pn0.ent.gz | 178.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pn0_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pn0_full_validation.pdf.gz | 449.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pn0_validation.xml.gz | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pn0_validation.cif.gz | 52 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pn0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35586.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: pct1 / プラスミド: pSMT3 / 詳細 (発現宿主): his-tagged SUMO fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9P6Q6, polynucleotide 5'-phosphatase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8 M NaCl, 10% (w/v) PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 45261 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 78.8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1D8I 解像度: 2.6→21.476 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→21.476 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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