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万見
- PDB-4pmu: Crystal structure of a novel reducing-end xylose-releasing exo-ol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmu
タイトルCrystal structure of a novel reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase (XynA) belonging to GH10 family (space group P1211)
要素Endo-1,4-beta-xylanase A
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.857 Å
データ登録者Santos, C.R. / Martins, V.P.M. / Zanphorlin, L.M. / Ruller, R. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/13309-0 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
著者: Santos, C.R. / Hoffmam, Z.B. / de Matos Martins, V.P. / Zanphorlin, L.M. / de Paula Assis, L.H. / Honorato, R.V. / Lopes de Oliveira, P.S. / Ruller, R. / Murakami, M.T.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年11月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年2月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
B: Endo-1,4-beta-xylanase A
C: Endo-1,4-beta-xylanase A
D: Endo-1,4-beta-xylanase A
E: Endo-1,4-beta-xylanase A
F: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,0406
ポリマ－239,0406
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
B: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6802
ポリマ－79,6802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
2
C: Endo-1,4-beta-xylanase A
D: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6802
ポリマ－79,6802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
3
E: Endo-1,4-beta-xylanase A
F: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6802
ポリマ－79,6802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.022, 100.741, 134.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The enzyme is a dimer in solution as assessed by SAXS, DLS and SEC techniques.

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要素

#1: タンパク質
Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量: 39839.918 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xynA, XAC4249 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PEU1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Polyethylene glycol 6000 / PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.857→50 Å / Num. obs: 52305 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Χ2: 1.038 / Net I/av σ(I): 7.162 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 152136
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.857-2.922.60.6125890.9295.9
2.92-2.972.90.58625650.93898.3
2.97-3.032.90.4925971.01297.7
3.03-3.092.90.42226001.02797.3
3.09-3.1630.39125871.06897.3
3.16-3.2330.3225861.07397.3
3.23-3.3130.28225581.04796.8
3.31-3.430.25325791.05796.6
3.4-3.530.21626121.07996.8
3.5-3.6230.19225721.07796.4
3.62-3.7430.16725941.07697.3
3.74-3.892.90.15625741.05497
3.89-4.072.90.14725821.04497.1
4.07-4.292.80.13626271.06198.5
4.29-4.552.80.12326661.04299.1
4.55-4.912.80.1226621.05699.4
4.91-5.42.80.11526841.06299.6
5.4-6.182.80.1326801.04999.7
6.18-7.7830.09827031.05499.9
7.78-503.10.05826880.95196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CNC

2cnc


解像度: 2.857→41.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2651 5.1 %RANDOM
Rwork0.2107 49602 --
obs0.2133 52253 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.81 Å2 / Biso mean: 45.864 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å2-0.33 Å2
2---0.75 Å2-0 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.857→41.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16837 0 0 91 16928
Biso mean---24.71 -
残基数----2131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01917257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9441.92723476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.04552125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51523.401882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.284152677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.84915156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02113600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6293.5158518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1055.27110637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6183.5238739
LS精密化 シェル解像度: 2.857→2.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 169 -
Rwork0.327 3340 -
all-3509 -
obs--89.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56050.4477-0.00640.50720.10730.4539-0.0088-0.0575-0.07260.03620.0736-0.0115-0.00780.0565-0.06480.00520.01230.00690.1188-0.0010.048346.51590.388512.6776
21.2369-0.3398-0.14190.50260.14640.9075-0.06180.0133-0.05230.0653-0.0053-0.0044-0.0091-0.0250.06710.0684-0.00960.01940.02430.00970.06251.8861-4.869610.6051
31.50630.6102-0.24390.386-0.08610.2798-0.05490.2636-0.04770.02530.04120.009-0.04820.01240.01370.0435-0.05260.01070.197-0.02210.007328.4777-0.3378-30.5884
40.6029-0.1215-0.14670.464-0.0940.51390.0254-0.01750.0046-0.02290.01050.0336-0.07570.0456-0.0360.047-0.03850.02930.1304-0.01010.0412-16.57470.5101-31.9122
50.6355-0.079-0.38750.3831-0.00231.377-0.0096-0.0827-0.0269-0.0733-0.0386-0.00840.06820.02810.04820.0750.00550.02860.0929-0.04120.038310.0613-18.1336-69.3163
61.5255-0.412-0.19661.5350.0890.39250.16040.2882-0.1896-0.2362-0.16360.2336-0.14080.03720.00310.07940.0212-0.03690.1528-0.06490.0509-33.0703-9.4714-74.6422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 377
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 378
3X-RAY DIFFRACTION3C23 - 378
4X-RAY DIFFRACTION4D23 - 377
5X-RAY DIFFRACTION5E23 - 377
6X-RAY DIFFRACTION6F24 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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