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- PDB-4ple: Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ple
タイトルHuman Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to an E. Coli Phospholipid and a Fragment of TIF-2
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / phospholipid
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation ...positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation / Sertoli cell development / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / exocrine pancreas development / cartilage development / negative regulation of chondrocyte differentiation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostatic process / locomotor rhythm / calcineurin-mediated signaling / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / somatic stem cell population maintenance / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of viral genome replication / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / transcription regulator inhibitor activity / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / neurogenesis / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / positive regulation of T cell proliferation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / positive regulation of T cell activation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / nuclear body / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å
データ登録者Ortlund, E.A. / Musille, P.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1DK095750 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)T32ES012870 米国
American Heart Association12PRE12060583 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Unexpected Allosteric Network Contributes to LRH-1 Co-regulator Selectivity.
著者: Musille, P.M. / Kossmann, B.R. / Kohn, J.A. / Ivanov, I. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
B: Nuclear receptor coactivator 2
C: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
E: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
F: Nuclear receptor coactivator 2
G: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
H: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,14124
ポリマ－119,9228
非ポリマー10,21816
水6,864381
1
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5356
ポリマ－29,9812
非ポリマー2,5554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
2
C: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9205
ポリマ－29,9812
非ポリマー1,9403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
3
E: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
F: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7658
ポリマ－29,9812
非ポリマー3,7846
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
4
G: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
H: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9205
ポリマ－29,9812
非ポリマー1,9403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.947, 76.885, 108.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 28271.668 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 301-541 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1708.931 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 740-753 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物
ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.7-1 M di-Sodium Malonate, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.5% Jeffamine ED-2001
PH範囲: 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.752→46.62 Å / Num. obs: 100330 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.384 / Net I/av σ(I): 21.517 / Net I/σ(I): 12.77 / Num. measured all: 365113
反射 シェル解像度: 1.752→1.814 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 6751 / Χ2: 0.982 / Rejects: 0 / % possible all: 62.76

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YOK

1yok


解像度: 1.752→46.62 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 1993 1.99 %Random selection
Rwork0.2141 98056 --
obs0.2145 100049 92.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.55 Å2 / Biso mean: 31.6418 Å2 / Biso min: 11.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.752→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8130 0 493 381 9004
Biso mean--35.2 35.6 -
残基数----1001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70711951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1773563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7517-1.79550.2769930.27094585467861
1.7955-1.84410.27861080.25355282539070
1.8441-1.89830.27631210.25345943606479
1.8983-1.95960.27781360.2546715685189
1.9596-2.02960.25581490.23057284743397
2.0296-2.11090.25121530.225875567709100
2.1109-2.2070.21911550.219175767731100
2.207-2.32330.24581530.213675357688100
2.3233-2.46890.23491540.214875957749100
2.4689-2.65950.23921530.223975737726100
2.6595-2.92710.25521540.22275657719100
2.9271-3.35060.26771550.221876067761100
3.3506-4.22090.19451560.188876437799100
4.2209-46.63640.2241530.19857598775198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58080.1450.78260.51620.25282.56030.0765-0.1026-0.0153-0.0004-0.02020.06090.0469-0.308-0.04910.1092-0.002-0.00080.15510.01110.1459-40.6604-14.897216.9768
23.18962.6597-0.32163.13012.04445.8939-0.0650.0485-0.47080.2849-0.17130.14960.4169-0.0040.18560.50710.0549-0.1250.1765-0.07680.354-46.6616-32.811413.8875
32.31780.13690.44640.60930.03282.71430.010.0944-0.0090.02390.0129-0.03380.01210.1261-0.01110.08540.00180.01120.12030.00860.1283-63.46523.279537.1834
45.9991-4.692-0.86053.67860.41567.8825-0.174-0.0265-0.7799-0.0466-0.14780.23111.0195-0.24260.35640.5259-0.0682-0.12330.17590.07920.3667-58.35265.320841.4627
52.5331-0.03240.81760.44070.19572.6153-0.02380.1380.0096-0.06560.05340.0353-0.01390.1171-0.01980.1074-0.0030.01130.13150.00020.123-50.8332-11.932556.5927
61.1248-0.357-0.34795.7003-3.40554.5149-0.05160.08260.29460.28180.0075-0.0105-0.46280.0624-0.14830.3791-0.1027-0.1650.23860.24130.4404-51.93976.598351.2613
71.8024-0.0540.31550.39910.4043.08480.01940.0761-0.0383-0.03750.0780.0038-0.03350.2113-0.07920.1032-0.01030.01760.13870.00010.1225-78.5708-12.16792.4411
85.0780.1811.00987.0298-3.0878.1919-0.17510.06830.53110.1555-0.03510.0102-0.57510.00050.01690.4998-0.0822-0.10320.20310.12440.2783-79.85636.109-3.6462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 298:538)A298 - 538
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 742:750)B742 - 750
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 299:538)C299 - 538
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 742:751)D742 - 751
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 297:537)E297 - 537
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 742:751)F742 - 751
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq 298:538)G298 - 538
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 742:751)H742 - 751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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