[日本語] English
万見
- PDB-4pk0: CRYSTAL STRUCTURE OF T4 LYSOZYME-PEPTIDE IN COMPLEX WITH TEICOPLA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pk0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF T4 LYSOZYME-PEPTIDE IN COMPLEX WITH TEICOPLANIN-A2-2
要素
  • Lysozyme
  • TEICOPLANIN-A2-2
キーワードHydrolase/Antibiotic / site-selective catalyst / carrier protein approach / glycopeptide antibiotic / Hydrolase-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TEICOPLANIN-A2-2 / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / alpha-D-mannopyranose / PHOSPHATE ION / 8-METHYLNONANOIC ACID / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Han, S. / Le, B.V. / Hajare, H. / Baxter, R.H.G. / Miller, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-068649 米国
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2014
タイトル: X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
著者: Han, S. / Le, B.V. / Hajare, H.S. / Baxter, R.H. / Miller, S.J.
履歴
登録2014年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02019年12月25日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: TEICOPLANIN-A2-2
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,54110
ポリマ－20,5432
非ポリマー9988
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.923, 63.233, 138.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-335-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質・ペプチド TEICOPLANIN-A2-2


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1206.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
参照: TEICOPLANIN-A2-2
#2: タンパク質 Lysozyme


分子量: 19336.164 Da / 分子数: 1 / Mutation: C54T/C97A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-TERMINAL FUSED BY MODIFIED CYS-ALA-MHS-D-PRO-AIB-D-ALA-D-ALA
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: e, T4Tp126 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme

-
糖 , 3種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / D-GLUCOSAMINE / β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5 / 参照: TEICOPLANIN-A2-2
識別子タイププログラム
DGlcpNbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 参照: TEICOPLANIN-A2-2
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / 参照: TEICOPLANIN-A2-2
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 106分子

#6: 化合物 ChemComp-T55 / 8-METHYLNONANOIC ACID / 8-メチルノナン酸


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / 参照: TEICOPLANIN-A2-2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE ...TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. TEICOPLANIN A2-2 HAS 8-METHYLNONANOIC ACID ATTACHED TO GLUCOSAMINE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % / 解説: THIN PLATES
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 19% PEG 3350, 0.2 M sodium potassium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 11381 / Num. obs: 11381 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.911 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23721 489 4.9 %RANDOM
Rwork0.18918 ---
obs0.1915 9592 89.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å2-0 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1432 0 60 101 1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4742.0632094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7533276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0075178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81723.59464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08215244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0211513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8463.56721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8473.56720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9785.324900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9765.324901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43.948820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3883.948820
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7485.7991194
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.94730.2891912
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.9230.2051874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 25 -
Rwork0.242 344 -
obs--45.05 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る