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- PDB-3rlz: 2.0 Angstrom X-ray structure of bovine Ca(2+)-S100B D63N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rlz
タイトル2.0 Angstrom X-ray structure of bovine Ca(2+)-S100B D63N
要素Protein S100-B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / alpha-helical / EF hand
機能・相同性
機能・相同性情報


Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / phosphorylation / regulation of neuronal synaptic plasticity / ruffle / positive regulation of neuron differentiation / astrocyte activation / axonogenesis / tau protein binding / memory / calcium-dependent protein binding / regulation of translation / learning or memory / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell adhesion / ciliary basal body / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Liriano, M.A. / Weber, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The effects of CapZ peptide (TRTK12) on the protein dynamics of S100B and S100B D63N
著者: Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Inman, K.G. / Ishima, R. / Weber, D.J.
履歴
登録2011年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-B
B: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5226
ポリマ－21,3622
非ポリマー1604
水1,49583
1
A: Protein S100-B
ヘテロ分子

A: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5226
ポリマ－21,3622
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2900 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
2
B: Protein S100-B
ヘテロ分子

B: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5226
ポリマ－21,3622
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.823, 34.950, 57.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-B / S-100 protein beta chain / S-100 protein subunit beta / S100 calcium-binding protein B


分子量: 10680.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: PET11B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG3350, 7.5 mM calcium chloride, 100 mM cacodylate, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→57.52 Å / Num. obs: 11828 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.878 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.01-2.083.20.30310861.07190.3
2.08-2.173.40.24211551.115195.5
2.17-2.263.50.17711501.504197.6
2.26-2.383.50.16211821.606197
2.38-2.533.60.13411712.314197.4
2.53-2.733.60.12511922.466198.5
2.73-33.60.11111973.369198.9
3-3.443.60.08912102.466199.5
3.44-4.333.50.05912231.39199.6
4.33-503.40.06112621.166199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IQQ

3iqq


解像度: 2.01→57.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.637 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 565 4.8 %RANDOM
Rwork0.2079 ---
obs0.2103 11828 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.7 Å2 / Biso mean: 34.979 Å2 / Biso min: 3.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.39 Å20 Å20.68 Å2
2--1.11 Å2-0 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→57.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1430 0 4 83 1517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.951935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3595178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.10926.35174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48815278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.626152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.5890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59521427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5183558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9984.5508
LS精密化 シェル解像度: 2.011→2.063 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 25 -
Rwork0.269 751 -
all-776 -
obs--89.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88410.2186-2.94720.83571.415115.7117-0.0080.0771-0.03370.07240.1771-0.10550.27130.1518-0.1690.0460.02930.00880.11280.05610.2572-6.72419.458514.8791
20.07340.1613-0.13230.3716-0.29730.2443-0.0140.0192-0.0307-0.0529-0.0328-0.080.0507-0.02920.04690.26910.00510.00520.40640.0310.28544.96599.334714.4828
30.02370.06640.03950.5881-0.39940.93270.0017-0.00240.02450.0013-0.0426-0.05140.0560.08990.04090.11790.00290.00040.1934-0.01530.172615.93879.377914.2049
40.780.1947-0.01760.7597-0.24480.5408-0.0257-0.01690.0353-0.01980.0058-0.0631-0.041-0.0120.01990.07450.01550.00810.0465-0.04980.157316.41739.155213.4551
50.03190.1372-0.1872.0154-1.74962.4884-0.0190.00730.03580.00950.0574-0.0506-0.0129-0.0332-0.03840.0526-0.0029-0.00020.1286-0.03040.21367.80289.616314.1089
60.28470.3435-0.53022.2786-3.21910.75670.0623-0.0121-0.03490.01190.01140.06890.0021-0.0723-0.07370.01730.0145-0.01360.1594-0.02430.2253-0.40999.273114.575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 5
3X-RAY DIFFRACTION2A6 - 16
4X-RAY DIFFRACTION2B6 - 16
5X-RAY DIFFRACTION3A17 - 40
6X-RAY DIFFRACTION3B17 - 40
7X-RAY DIFFRACTION4A41 - 63
8X-RAY DIFFRACTION4B41 - 63
9X-RAY DIFFRACTION5A64 - 78
10X-RAY DIFFRACTION5B64 - 78
11X-RAY DIFFRACTION6A79 - 89
12X-RAY DIFFRACTION6B79 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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