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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pjj | ||||||||||||
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タイトル | MYOSIN VI (MD-INSERT2-CAM, DELTA-INSERT1) post-rigor state - long soaking with PO4 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / MYOSIN VI / POST-RIGOR STATE / MG.ADP.BEFX / CALMODULIN / MOLECULAR MOTOR | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / kinetochore organization / autophagic cell death / : / G protein-coupled opsin signaling pathway / actin filament-based movement / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / vesicle transport along actin filament / channel regulator activity / cellular response to ethanol / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / microfilament motor activity / mitotic spindle pole / myosin heavy chain binding / centriole replication / microvillus / endocytic vesicle / enzyme regulator activity / clathrin-coated pit / centriole / filopodium / actin filament organization / sensory perception of sound / mitotic spindle / ruffle membrane / spindle / endocytosis / actin filament binding / sensory perception of smell / cell cortex / midbody / protein phosphorylation / centrosome / calcium ion binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Isabet, T. / Benisty, H. / Llinas, P. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2015 タイトル: How actin initiates the motor activity of Myosin. 著者: Llinas, P. / Isabet, T. / Song, L. / Ropars, V. / Zong, B. / Benisty, H. / Sirigu, S. / Morris, C. / Kikuti, C. / Safer, D. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pjj.cif.gz | 383.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pjj.ent.gz | 305.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pjj_validation.pdf.gz | 792.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pjj_full_validation.pdf.gz | 801.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pjj_validation.xml.gz | 35.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pjj_validation.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pjj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 89873.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MYO6 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: F1RQI7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16841.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Cam, CG8472 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62152 |
-非ポリマー , 6種, 362分子
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 9% PEG8k, 50mM Hepes pH 7,5, 1mM TCEP, 3% EG, 3% MPD PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→45 Å / Num. obs: 57130 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.57 % / Biso Wilson estimate: 57.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 9.69 % / Rmerge(I) obs: 1.076 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2VAS 解像度: 2.4→43.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9524 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9387 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
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原子変位パラメータ | Biso mean: 59.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.293 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→43.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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