PDB-4pj3: Structural insight into the function and evolution of the spliceo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pj3

タイトル

Structural insight into the function and evolution of the spliceosomal helicase Aquarius, Structure of Aquarius in complex with AMPPNP

要素

Intron-binding protein aquarius

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA helicase / pre-mRNA splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' RNA helicase activity / U2-type catalytic step 2 spliceosome / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA splicing, via spliceosome / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

De, I. / Bessonov, S. / Hofele, R. / dos Santos, K.F. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Luhrmann, R. / Pena, V.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The RNA helicase Aquarius exhibits structural adaptations mediating its recruitment to spliceosomes.
著者: De, I. / Bessonov, S. / Hofele, R. / Dos Santos, K. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Luhrmann, R. / Pena, V.

履歴

登録	2014年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2016年6月1日	Group: Data collection
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pj3.cif.gz	312.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pj3.ent.gz	242.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pj3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pj3_validation.pdf.gz	775 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pj3_full_validation.pdf.gz	781.6 KB	表示
XML形式データ	4pj3_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	4pj3_validation.cif.gz	72.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pj3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pj4 PDB 未公開エントリ
類似構造データ	2vwi-d 5xh7-d 11285 7ccc-d 5b43-d 7kho-d 6ehm-d 6tur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #242 - 2020年2月コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)
#242 - 2020年2月
コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Intron-binding protein aquarius

ヘテロ分子

173 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.986, 140.444, 144.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Intron-binding protein aquarius / Intron-binding protein of 160 kDa / IBP160 分子量: 172555.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-1485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQR, KIAA0560 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60306
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, PEG MME 550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 日付: 2012年7月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20004 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.84 % / B_iso Wilson estimate: 29.02 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.216 / Net I/σ(I): 18.65 / Num. measured all: 1310360

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.4		0.908	0.543	4.23	155996	20005	20004	0.581	100
2.4-2.5		0.941	0.421	5.44	132491	16949	16949	0.45	100
2.5-2.6		0.959	0.352	6.43	112649	14389	14389	0.376	100
2.6-2.7		0.972	0.281	7.98	96882	12372	12371	0.301	100
2.7-2.8		0.983	0.225	9.69	84131	10725	10724	0.24	100
2.8-2.9		0.988	0.182	11.76	72451	9226	9226	0.195	100
2.9-3		0.991	0.15	14.01	63012	8015	8015	0.16	100
3-4		0.998	0.073	24.88	342842	43519	43517	0.078	100
4-6		0.999	0.045	40.37	176404	22362	22362	0.048	100
6-8		0.999	0.042	41.39	43004	5442	5442	0.045	100
8-10		0.999	0.032	53.21	15250	1927	1927	0.034	100
	10	0.999	0.031	53.56	15248	2037	2020	0.034	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.493 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	4118	4.9 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.1925	84028	97.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10971	0	33	555	11559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11319
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	15347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.421	4284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1981

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3271	0.2951	135	0.2335	2534	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3271-2.3554	0.2868	130	0.2244	2567	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3554-2.3853	0.2779	150	0.2225	2600	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3853-2.4166	0.2443	152	0.2179	2597	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4166-2.4498	0.2444	136	0.2162	2646	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4498-2.4847	0.2822	145	0.2088	2628	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4847-2.5218	0.2779	140	0.2144	2683	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5218-2.5612	0.2456	124	0.2073	2703	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5612-2.6032	0.2453	147	0.2037	2638	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6032-2.6481	0.2599	144	0.1969	2715	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6481-2.6963	0.2585	125	0.2043	2715	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6963-2.7481	0.2545	141	0.2027	2738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7481-2.8042	0.2631	130	0.2132	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8042-2.8652	0.2872	124	0.2143	2763	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8652-2.9318	0.2637	142	0.2113	2757	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9318-3.0051	0.2463	134	0.2122	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0051-3.0864	0.2365	149	0.2115	2786	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0864-3.1772	0.2412	148	0.2107	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1772-3.2797	0.2518	154	0.2071	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2797-3.3969	0.2253	128	0.204	2824	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3969-3.5328	0.237	155	0.2017	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5328-3.6936	0.2177	149	0.1902	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6936-3.8882	0.2164	141	0.181	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8882-4.1317	0.2236	155	0.1703	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1317-4.4505	0.1817	139	0.1518	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4505-4.8979	0.1586	148	0.1484	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8979-5.6057	0.1983	159	0.1664	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6057-7.0589	0.2179	152	0.1881	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0589-47.5031	0.1745	142	0.174	3071	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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