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- PDB-4pio: Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pio
タイトルErgothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with N,N-dimethylhistidine and SAH
要素Histidine-specific methyltransferase EgtD
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / ergothioneine / histidine betaine
機能・相同性
機能・相同性情報


L-histidine Nalpha-methyltransferase / L-histidine N(alpha)-methyltransferase activity / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase EgtD-like / Histidine-specific methyltransferase, SAM-dependent / Histidine N-alpha-methyltransferase, Actinobacteria-type / Histidine N-alpha-methyltransferase / : / Histidine-specific methyltransferase, SAM-dependent / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N-dimethyl-L-histidine / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histidine N-alpha-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.506 Å
データ登録者Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Foundation147005 スイス
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD Reveals the Structural Basis of Aromatic Amino Acid Betaine Biosynthesis.
著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD.
著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02024年11月13日Group: Atomic model / Data collection / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine-specific methyltransferase EgtD
B: Histidine-specific methyltransferase EgtD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,94613
ポリマ－70,6292
非ポリマー1,31711
水17,745985
1
A: Histidine-specific methyltransferase EgtD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0158
ポリマ－35,3151
非ポリマー7007
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histidine-specific methyltransferase EgtD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9315
ポリマ－35,3151
非ポリマー6164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.709, 67.511, 79.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histidine-specific methyltransferase EgtD / Histidine-alpha-N-methyltransferase


分子量: 35314.695 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, A29T, P30Q, A75S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 607 / 遺伝子: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 996分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-AVI / N,N-dimethyl-L-histidine / Nα,Nα-ジメチルヒスチジン


分子量: 183.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N3O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 985 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.506→49.995 Å / Num. all: 87536 / Num. obs: 87536 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 10.76 Å2 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.106 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 5.942 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 275925
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.51-1.593.10.5511.438056123540.3690.551295.9
1.59-1.683.20.41.938120120280.2650.42.798.5
1.68-1.83.20.2812.735833113000.1860.2813.898.9
1.8-1.943.20.185433516105720.1220.1855.799.1
1.94-2.133.20.1166.13105897730.0770.1168.899.4
2.13-2.383.20.0833.32816688820.0550.08311.899.7
2.38-2.753.20.06510.82497078950.0430.06514.199.8
2.75-3.373.20.0512.32101466510.0340.0518.6100
3.37-4.763.10.03715.21629851890.0250.03724.4100
4.76-49.9953.10.03414.7889428920.0230.03423.299.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4PIM

4pim


解像度: 1.506→49.995 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 4356 4.98 %
Rwork0.1481 83153 -
obs0.1497 87509 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.3 Å2 / Biso mean: 15.5812 Å2 / Biso min: 2.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.506→49.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4823 0 148 985 5956
Biso mean--9.2 27.1 -
残基数----626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2786981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6771892
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5064-1.52350.27491120.24072439255187
1.5235-1.54140.27481410.22522752289398
1.5414-1.56020.22961510.21672751290298
1.5602-1.580.26661360.21262741287798
1.58-1.60080.24791460.21362760290698
1.6008-1.62270.26391260.20712765289198
1.6227-1.64590.25031370.19152735287298
1.6459-1.67040.20321530.19522752290598
1.6704-1.69650.25151570.18662742289998
1.6965-1.72440.20791580.18072771292999
1.7244-1.75410.22421470.17282710285799
1.7541-1.7860.21591470.16592759290699
1.786-1.82040.22841520.16362791294399
1.8204-1.85750.17581400.15432778291899
1.8575-1.89790.18361440.15862774291899
1.8979-1.94210.17021310.15212790292199
1.9421-1.99060.20941290.15262796292599
1.9906-2.04440.18291370.14722815295299
2.0444-2.10460.16411590.1362748290799
2.1046-2.17250.16331450.13182801294699
2.1725-2.25020.1581800.129227452925100
2.2502-2.34030.16551430.12482814295799
2.3403-2.44680.1821580.127527942952100
2.4468-2.57580.17741360.132228132949100
2.5758-2.73710.16441310.135528132944100
2.7371-2.94850.18031350.140428382973100
2.9485-3.24510.15071500.129528072957100
3.2451-3.71460.14851550.122728282983100
3.7146-4.67940.14041650.115328563021100
4.6794-50.02250.16191550.1592875303099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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