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万見
- PDB-4pi0: Crystal structure of particulate methane monooxygenase from Methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pi0
タイトルCrystal structure of particulate methane monooxygenase from Methylocystis sp. ATCC 49242 (Rockwell) soaked in copper
要素
  • Particulate methane monooxygenase subunit A
  • Particulate methane monooxygenase subunit B
  • Particulate methane monooxygenase subunit C
  • unknown peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bacterial Proteins / Binding Sites / Copper / Zinc / Methylocystaceae / Oxygenases / Protein Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C / Helix hairpin bin / particulate methane monooxygenase, chain B / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3 / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Up-down Bundle ...Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C / Helix hairpin bin / particulate methane monooxygenase, chain B / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3 / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Sirajuddin, S. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM070473 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Effects of zinc on particulate methane monooxygenase activity and structure.
著者: Sirajuddin, S. / Barupala, D. / Helling, S. / Marcus, K. / Stemmler, T.L. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2014年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32016年4月6日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: unknown peptide
H: unknown peptide
F: Particulate methane monooxygenase subunit A
K: Particulate methane monooxygenase subunit C
E: Particulate methane monooxygenase subunit B
N: unknown peptide
A: Particulate methane monooxygenase subunit B
I: Particulate methane monooxygenase subunit B
C: Particulate methane monooxygenase subunit C
G: Particulate methane monooxygenase subunit C
J: Particulate methane monooxygenase subunit A
B: Particulate methane monooxygenase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,41618
ポリマ－317,03412
非ポリマー3816
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61140 Å2
ΔGint-603 kcal/mol
Surface area86880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.361, 184.739, 188.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12I
22E
13J
23F
14B
24F
15K
25C
16G
26C

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISALAALAAG29 - 41629 - 416
211HISHISALAALAEE29 - 41629 - 416
112HISHISALAALAIH29 - 41629 - 416
212HISHISALAALAEE29 - 41629 - 416
113GLYGLYILEILEJK11 - 25211 - 252
213GLYGLYILEILEFC11 - 25211 - 252
114GLYGLYILEILEBL11 - 25211 - 252
214GLYGLYILEILEFC11 - 25211 - 252
115GLUGLUPROPROKD16 - 19516 - 195
215GLUGLUPROPROCI16 - 19516 - 195
125TRPTRPGLUGLUKD226 - 256226 - 256
225TRPTRPGLUGLUCI226 - 256226 - 256
116GLUGLUPROPROGJ16 - 19516 - 195
216GLUGLUPROPROCI16 - 19516 - 195
126TRPTRPGLUGLUGJ226 - 256226 - 256
226TRPTRPGLUGLUCI226 - 256226 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド unknown peptide


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア)
#2: タンパク質 Particulate methane monooxygenase subunit A / pmoA


分子量: 28560.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア)
参照: methane monooxygenase (particulate)
#3: タンパク質 Particulate methane monooxygenase subunit C / pmoC


分子量: 29231.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア)
参照: methane monooxygenase (particulate)
#4: タンパク質 Particulate methane monooxygenase subunit B / pmoB


分子量: 45741.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア)
参照: methane monooxygenase (particulate)
#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG3000, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.2 M magnesium formate dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.33765 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 55808 / % possible obs: 77.8 % / 冗長度: 13.7 % / Net I/σ(I): 21.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RFR

3rfr


解像度: 3.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 24.467 / SU ML: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.607 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2799 2796 5 %RANDOM
Rwork0.2211 53012 --
obs0.2241 55808 78.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 227.82 Å2 / Biso mean: 57.517 Å2 / Biso min: 16.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20624 0 6 0 20630
Biso mean--78.93 --
残基数----2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01921251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.9329016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7352598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.07622.65902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.747153185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.66115126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.23209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5365.59910437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.4288.37713020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7815.84110814
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A302613.92
2I302613.58
3J19625.04
4B19629.99
5K172310.25
6G17237.88
LS精密化 シェル解像度: 3.146→3.228 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.624 24 -
Rwork0.344 322 -
all-346 -
obs--6.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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