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万見
- PDB-4phm: The Structural Basis of Differential Inhibition of Human Calpain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phm
タイトルThe Structural Basis of Differential Inhibition of Human Calpain by Indole and Phenyl alpha-Mercaptoacrylic Acids
要素Calpain small subunit 1
キーワードHYDROLASE / Calpain / Domain VI / PEF(S) / Human / Calcium Binding / Protease / EF-Hand
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Formation of the cornified envelope / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of macroautophagy / Degradation of the extracellular matrix / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular exosome ...calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Formation of the cornified envelope / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of macroautophagy / Degradation of the extracellular matrix / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(5-bromo-1H-indol-3-yl)-2-thioxopropanoic acid / Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Allemann, R.K. / Adams, S.E. / Miller, D.J. / Hallett, M.B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0701192 英国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: The structural basis of differential inhibition of human calpain by indole and phenyl alpha-mercaptoacrylic acids.
著者: Adams, S.E. / Rizkallah, P.J. / Miller, D.J. / Robinson, E.J. / Hallett, M.B. / Allemann, R.K.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Other
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calpain small subunit 1
B: Calpain small subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,95012
ポリマ－40,0332
非ポリマー91710
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.410, 79.340, 57.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calpain small subunit 1 / CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent ...CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent protease small subunit / CDPS / Calcium-dependent protease small subunit 1 / Calpain regulatory subunit


分子量: 20016.607 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 96-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPNS1, CAPN4, CAPNS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04632
#2: 化合物 ChemComp-2UD / 3-(5-bromo-1H-indol-3-yl)-2-thioxopropanoic acid


分子量: 298.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8BrNO2S
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM sodium cacodylate, 12.5% PEG6000, 20 mM calcium chloride and 10 mM DTT at pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9673 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月23日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9673 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→41.93 Å / Num. all: 27196 / Num. obs: 27196 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PHJ

4phj


解像度: 2.03→41.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 11.497 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25094 1360 5 %RANDOM
Rwork0.19716 ---
obs0.19987 25811 94.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0 Å2-0.76 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→41.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 40 150 2996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0071.9543922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9813.0016120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5675344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44724.156154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.14315512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.271522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.272.6681382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2682.6681381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2393.981724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2383.9811725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4883.1951529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4863.1971530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1774.632199
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53223.7743742
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.46823.6413707
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.52 77 -
Rwork0.499 1561 -
obs--78.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79950.45230.41471.7355-0.44771.20830.1265-0.2235-0.17840.3122-0.07630.15650.2763-0.0835-0.05020.1899-0.01730.03320.1654-0.01940.068313.5457-0.627215.3879
22.9861-0.5143-0.11992.60630.79140.70770.02980.05290.092-0.19810.0333-0.0484-0.12380.0696-0.06310.0269-0.01950.00230.03330.01630.027128.36049.51880.1232
320.9654-16.47440.617712.9546-0.49180.0231-0.1203-0.03690.39360.08420.0792-0.341-0.0054-0.02820.04120.4421-0.2048-0.00440.3856-0.06150.258812.0765-12.074722.6148
40.9674-3.64621.338615.2872-5.51691.9978-0.07740.0399-0.0236-0.2580.24390.51590.0714-0.0453-0.16650.3497-0.05-0.06990.38870.01880.24540.06257.0014-6.7583
51.2066-0.4211-0.25531.3444-0.75280.646-0.0836-0.0083-0.07290.10850.027-0.0317-0.0366-0.01310.05670.12230.00020.01160.1574-0.00710.075318.812-4.062316.318
61.129-0.4108-0.81063.2516-0.35770.71930.27480.0311-0.1492-0.0866-0.37230.0994-0.1990.05270.09740.1125-0.0215-0.05110.1138-0.03050.095429.54883.2185-0.5125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A96 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B96 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3A270
4X-RAY DIFFRACTION4B270
5X-RAY DIFFRACTION5A301 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6B301 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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