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- PDB-4phc: Crystal Structure of a human cytosolic histidyl-tRNA synthetase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phc
タイトルCrystal Structure of a human cytosolic histidyl-tRNA synthetase, histidine-bound
要素Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / human / cytoplasmic / protein-substrate complex / Rossmann-fold / translation / nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS ...Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.844 Å
データ登録者Koh, C.Y. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Hol, W.G.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI084004 米国
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2014
タイトル: Comparison of histidine recognition in human and trypanosomatid histidyl-tRNA synthetases.
著者: Koh, C.Y. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Hol, W.G.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
C: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
D: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,95112
ポリマ－229,9584
非ポリマー9938
水99155
1
A: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4756
ポリマ－114,9792
非ポリマー4974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area37360 Å2
手法PISA
2
C: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
D: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4756
ポリマ－114,9792
非ポリマー4974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area36690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.087, 92.993, 261.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 53 - 504 / Label seq-ID: 53 - 504

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS


分子量: 57489.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS, HRS / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 7 to 9, 0.2 M MgCl2 and 20 to 32.5% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月6日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→39.41 Å / Num. obs: 49252 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 211016
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
2.84-2.943.90.9831.61655842010.5189.4
11.37-39.414.30.0326.933777880.01687.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.61 Å39.31 Å
Translation5.61 Å39.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.1.27データ削減
Aimless2.5.2データスケーリング
REFMACrefmac_5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.844→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 33.193 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2504 5.1 %RANDOM
Rwork0.2005 46705 --
obs0.2024 49209 94.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.22 Å2 / Biso mean: 62.176 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å2-0 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.844→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13957 0 68 55 14080
Biso mean--50.18 34.36 -
残基数----1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01914226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0214065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1571.99319145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.957332359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.41951756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28924.037644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.481152685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.51215114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.22174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4693.7057069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4693.7057068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5175.5528810
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A269250.08
12B269250.08
21A268220.09
22C268220.09
31A268050.08
32D268050.08
41B276690.07
42C276690.07
51B273630.07
52D273630.07
61C270270.08
62D270270.08
LS精密化 シェル解像度: 2.844→2.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 177 -
Rwork0.325 3184 -
all-3361 -
obs--88.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3854-0.712-1.21791.59380.90453.4621-0.09190.1083-0.37020.05880.0093-0.03470.4641-0.02660.08260.1218-0.0356-0.01390.0275-0.01070.079-11.86417.4-21.216
22.67391.0736-0.44252.633-0.02440.922-0.0110.0244-0.4040.0483-0.04660.08660.6219-0.2240.05760.473-0.12650.00720.186-0.02420.1556-29.57710.539-13.616
33.98940.39710.75444.9943-0.47794.7188-0.01680.09320.4655-0.3212-0.1312-0.1195-0.5699-0.22950.1480.10950.0513-0.01520.14270.01080.1023-8.4146.287-54.033
41.1952-0.0025-0.84672.2541-1.24533.8195-0.0323-0.1504-0.0580.10690.0234-0.44810.24690.29290.00890.04520.0063-0.03950.0939-0.05180.14062.20323.84-33.656
52.9367-0.6004-0.23782.71020.20231.52470.04390.03170.11860.12940.1537-0.80530.06360.6522-0.19760.07170.0025-0.01170.3052-0.12440.291719.72129.896-43.374
64.37010.464-0.44334.71130.80193.8130.1514-0.05670.34180.11520.00390.1117-0.49360.0237-0.15530.22210.0047-0.01640.0099-0.01510.0552-23.47642.913-6.955
71.57040.1069-0.94411.0893-0.793.6695-0.06270.2049-0.4147-0.1467-0.1241-0.23540.3510.12920.18680.12220.0147-0.02820.0757-0.06690.2523-43.497-26.026-32.374
83.5232-0.41320.81772.7865-0.51321.47350.16680.3085-0.7816-0.0058-0.1660.15180.48550.0296-0.00080.2394-0.04130.0140.129-0.13640.366-53.82-41.205-22.803
95.0531-0.19750.67254.58690.02882.7961-0.04970.09560.4636-0.38460.010.1508-0.2767-0.45420.03970.1520.0329-0.03210.1944-0.0660.1111-63.1842.903-58.681
101.7735-0.43060.26942.7851-0.59413.61670.0091-0.0431-0.1339-0.0117-0.1443-0.5260.07330.54740.13520.0616-0.03280.04120.1668-0.03250.1991-37.347-15.013-41.984
112.81080.6683-0.12491.3062-0.30130.5556-0.06510.15090.1093-0.04650.0849-0.3189-0.20580.3021-0.01980.2191-0.07190.05020.2687-0.06630.1947-31.6392.851-53.599
125.0834-0.1556-0.06533.67271.36254.2189-0.0793-0.1524-0.00160.154-0.02730.2938-0.3187-0.3550.10660.22750.0939-0.06050.1219-0.10660.1517-65.692-12.704-11.571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2A199 - 404
3X-RAY DIFFRACTION3A405 - 504
4X-RAY DIFFRACTION4B53 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5B206 - 395
6X-RAY DIFFRACTION6B396 - 505
7X-RAY DIFFRACTION7C53 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8C188 - 404
9X-RAY DIFFRACTION9C405 - 505
10X-RAY DIFFRACTION10D53 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11D174 - 396
12X-RAY DIFFRACTION12D397 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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