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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4phc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a human cytosolic histidyl-tRNA synthetase, histidine-bound | ||||||
要素 | Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic | ||||||
キーワード | LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / human / cytoplasmic / protein-substrate complex / Rossmann-fold / translation / nucleotide binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.844 Å | ||||||
データ登録者 | Koh, C.Y. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochimie / 年: 2014 タイトル: Comparison of histidine recognition in human and trypanosomatid histidyl-tRNA synthetases. 著者: Koh, C.Y. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4phc.cif.gz | 701 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4phc.ent.gz | 584.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4phc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4phc_validation.pdf.gz | 485.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4phc_full_validation.pdf.gz | 497.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4phc_validation.xml.gz | 58.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4phc_validation.cif.gz | 79 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4phc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4phc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 53 - 504 / Label seq-ID: 53 - 504
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57489.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS, HRS / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase #2: 化合物 | ChemComp-HIS / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 7 to 9, 0.2 M MgCl2 and 20 to 32.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月6日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.84→39.41 Å / Num. obs: 49252 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 211016 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.844→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 33.193 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.22 Å2 / Biso mean: 62.176 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.844→39.41 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.844→2.918 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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