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- PDB-4ph9: The structure of Ibuprofen bound to cyclooxygenase-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ph9
タイトルThe structure of Ibuprofen bound to cyclooxygenase-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / membrane protein / cyclooxygenase / COX / COX-2 / Ibuprofen / monotopic / prostaglandin / NSAID
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / decidualization / nuclear outer membrane / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IBUPROFEN / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Orlando, B.J. / Lucido, M.J. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM077176 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: The structure of ibuprofen bound to cyclooxygenase-2.
著者: Orlando, B.J. / Lucido, M.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年1月7日Group: Database references
改定 1.32015年2月25日Group: Derived calculations
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,63832
ポリマ－126,9212
非ポリマー5,71730
水20,3031127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16590 Å2
ΔGint47 kcal/mol
Surface area40950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.941, 132.228, 180.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 63460.406 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 9分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1148分子

#4: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID


分子量: 206.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物
ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID


分子量: 72.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 % / 解説: rectangular
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23-34% PAA-5100, 100mM HEPES (pH 7.5), 20mM MgCl2, 0.6% BoG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9759 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05iN asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9759 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→40 Å / Num. all: 128926 / Num. obs: 128926 / % possible obs: 98.43 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.044 / Net I/av σ(I): 22.395 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 605910
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.81-1.8752.490.40372.4958351.08990.8
1.84-1.872.70.38460201.09792.8
1.87-1.9130.33161331.09294.8
1.91-1.953.50.25562681.09296.4
1.95-1.994.10.2264121.07698.8
1.99-2.044.40.18564761.04899.9
2.04-2.094.70.16665211.091100
2.09-2.155.20.14464721.087100
2.15-2.215.20.1265051.065100
2.21-2.285.20.10665351.061100
2.28-2.365.30.09565151.09799.9
2.36-2.465.30.08265291.04999.9
2.46-2.575.30.07465231.02999.9
2.57-2.75.40.0676547199.9
2.7-2.875.40.05965211.0499.9
2.87-3.095.40.05365671.00299.9
3.09-3.415.40.04965531.09399.9
3.41-3.950.03565950.95499.6
3.9-4.915.30.04366440.96599.7
4.91-405.20.04467600.9898.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.79 Å38.56 Å
Translation6.79 Å38.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000v704uデータ収集
HKL-2000v704uデータ削減
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HS5

3hs5


解像度: 1.81→35.55 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 6401 4.99 %Random selection
Rwork0.16 ---
obs0.162 128316 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.97 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→35.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8944 0 72 1128 10144
Biso mean--37.6 39.34 -
残基数----1118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3113131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9293656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.83110.26422020.23663565X-RAY DIFFRACTION88
1.8311-1.85270.26481700.22853800X-RAY DIFFRACTION92
1.8527-1.87530.29451750.22073845X-RAY DIFFRACTION93
1.8753-1.8990.24171800.21023923X-RAY DIFFRACTION95
1.899-1.9240.26141570.20223950X-RAY DIFFRACTION95
1.924-1.95030.25522260.19363970X-RAY DIFFRACTION96
1.9503-1.97820.23062180.18854030X-RAY DIFFRACTION98
1.9782-2.00770.24142110.17924087X-RAY DIFFRACTION99
2.0077-2.03910.22662120.17994107X-RAY DIFFRACTION100
2.0391-2.07250.21572420.17864082X-RAY DIFFRACTION100
2.0725-2.10830.19952160.1774101X-RAY DIFFRACTION99
2.1083-2.14660.22712050.17264098X-RAY DIFFRACTION100
2.1466-2.18790.21952250.17294122X-RAY DIFFRACTION99
2.1879-2.23250.24672340.17114076X-RAY DIFFRACTION99
2.2325-2.28110.21982270.16794075X-RAY DIFFRACTION99
2.2811-2.33410.22282000.16624085X-RAY DIFFRACTION99
2.3341-2.39250.20582040.16354127X-RAY DIFFRACTION99
2.3925-2.45710.21632330.16634074X-RAY DIFFRACTION99
2.4571-2.52940.21062250.16244080X-RAY DIFFRACTION99
2.5294-2.6110.22012160.17244100X-RAY DIFFRACTION99
2.611-2.70430.20192510.16834109X-RAY DIFFRACTION99
2.7043-2.81260.19442430.15924061X-RAY DIFFRACTION99
2.8126-2.94050.21892310.16514118X-RAY DIFFRACTION99
2.9405-3.09550.22622240.16854129X-RAY DIFFRACTION99
3.0955-3.28930.19452230.1594152X-RAY DIFFRACTION100
3.2893-3.5430.18152400.14864121X-RAY DIFFRACTION99
3.543-3.89920.16392350.13594149X-RAY DIFFRACTION99
3.8992-4.46250.16322190.12884188X-RAY DIFFRACTION100
4.4625-5.61860.15931940.13294258X-RAY DIFFRACTION100
5.6186-35.56040.1541630.16314333X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0065-0.01610.05430.0611-0.13670.47990.06650.1232-0.1043-0.3017-0.02640.06480.52270.0322-0.01810.4990.0122-0.04880.2281-0.02910.303927.67070.850732.201
20.17550.0645-0.06660.08280.07610.19450.05820.0412-0.2399-0.0238-0.00690.15860.2591-0.1278-0.01030.2475-0.0659-0.0630.271-0.01650.31885.024617.662827.39
30.16170.0716-0.00540.1280.03050.06980.06640.1187-0.0124-0.1344-0.0818-0.02170.18850.1159-0.00620.25090.08840.01180.22090.00960.17436.121819.631125.511
40.1046-0.1312-0.00510.1848-0.03840.07980.05470.13680.0134-0.1141-0.05150.01550.04940.047500.20480.0167-0.00130.23360.02230.210123.930634.481226.5913
50.4015-0.2283-0.07190.6159-0.09130.81090.05050.10420.037-0.08590.00610.02620.0435-0.0430.00050.13150.0096-0.00620.16490.02530.159518.885736.180227.4132
60.0703-0.02590.02290.0119-0.0410.4456-0.0268-0.1337-0.07330.09990.10420.1676-0.1005-0.3621-0.00520.2040.02190.04620.34250.06360.3313-0.388532.464660.9339
70.0875-0.0239-0.03890.07180.05540.0629-0.0196-0.0216-0.11160.03430.01250.2030.0875-0.17-0.00760.2327-0.04060.03090.23920.0380.335212.46716.375166.175
80.3323-0.12990.03340.2427-0.08680.1809-0.0545-0.09740.03050.09070.0645-0.0055-0.0812-0.024800.19960.02720.00850.19230.00180.188124.380231.81667.6662
90.4799-0.2147-0.07440.3949-0.15620.38630.0378-0.04740.0237-0.0399-0.0263-0.0670.09840.095300.17390.01620.0080.17780.00650.202842.01515.549658.4735
100.5202-0.2418-0.02790.4881-0.01010.5723-0.0418-0.152-0.02920.07760.07930.02640.0243-0.037500.18250.0130.01540.190.01750.175627.09420.284571.762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 33:83)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 84:128)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 129:186)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 187:229)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 230:582)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 33:83)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 84:125)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 126:228)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 229:367)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 368:582)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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