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万見
- PDB-4ph0: capsid protein from bovine leukemia virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ph0
タイトルcapsid protein from bovine leukemia virus
要素BLV capsid
キーワードVIRAL PROTEIN / retroviral capsid / all alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / structural molecule activity ...DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. ...Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine leukemia virus (ウシ白血病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7497 Å
Model detailsmature form
データ登録者Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Buschiazzo, A.
資金援助 フランス, ウルグアイ, 3件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)Laboratoire International Associe LIA 316 フランス
Mercosur Structural Biology Center (CeBEM)ウルグアイ
Mercosur/FOCEMCOF 03/11ウルグアイ
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: STRUCTURAL VIROLOGY. Conformational plasticity of a native retroviral capsid revealed by x-ray crystallography.
著者: Obal, G. / Trajtenberg, F. / Carrion, F. / Tome, L. / Larrieux, N. / Zhang, X. / Pritsch, O. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2014年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLV capsid
B: BLV capsid
C: BLV capsid
D: BLV capsid
E: BLV capsid
F: BLV capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,6226
ポリマ－141,6226
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area60670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.280, 94.280, 257.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
BLV capsid


分子量: 23603.625 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP Residues 110-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine leukemia virus (ウシ白血病ウイルス)
遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7KWZ1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20mM Tris.HCl, 130mM NaCl, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.42
反射解像度: 2.7497→47.14 Å / Num. obs: 33567 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 22.42 / Num. measured all: 351378
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.7497-2.920.8091.0152.0555559540053741.06899.5
2.92-3.120.9230.5873.7253367508450840.617100
3.12-3.360.9790.2897.6550864474847480.303100
3.36-3.680.9940.14415.2345129431743170.152100
3.68-4.120.9970.08925.6741841398839880.093100
4.12-4.750.9980.05741.0836384347134710.06100
4.75-5.80.9990.0547.1131149295729560.052100
5.8-8.140.9990.03757.9823973231023090.039100
8.1410.02677.4913112133713200.02898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7497→47.14 Å / FOM work R set: 0.567 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 1676 5 %
Rwork0.1797 31817 -
obs0.1871 33497 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 220.44 Å2 / Biso mean: 101.97 Å2 / Biso min: 45.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7497→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9078 0 0 0 9078
残基数----1178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36212633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4293396
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7497-2.83060.32221380.321426122750
2.8306-2.9220.2981410.299426682809
2.922-3.02640.3021390.286826452784
3.0264-3.14750.29231410.259726682809
3.1475-3.29070.26081380.254526302768
3.2907-3.46420.27391410.239726672808
3.4642-3.68110.26451370.222426152752
3.6811-3.96520.25771400.200326692809
3.9652-4.3640.25351390.1926462785
4.364-4.99480.18121400.159526672807
4.9948-6.29040.221410.164726672808
6.2904-46.37450.17921410.125126632804
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1890.39940.25762.45420.24231.8122-0.4185-0.5796-0.42860.42380.4403-0.43190.2248-0.5687-0.10430.82270.07810.0771.05140.2921.052846.578164.1621-12.8365
22.61320.8952-0.21783.02080.42252.288-0.16040.11640.7021-0.11740.41-0.4340.2222-0.2192-0.24330.67530.01720.0110.64310.10670.82677.806860.3815-27.6679
33.78890.79161.4392.0667-1.08782.3103-0.0399-0.4553-0.27410.11730.23370.1647-0.1999-0.41-0.22780.77010.00340.07760.7775-0.04110.300621.4878102.3027-14.294
41.9301-0.4784-0.52631.7521-1.02171.7135-0.1885-0.0558-0.747-0.1432-0.24-0.6846-0.0883-0.04790.1960.801-0.03980.02550.67060.06061.18543.620180.2687-31.2086
52.6664-0.1482-1.75223.9196-1.98082.82770.1307-0.13660.55860.52380.05210.1377-0.55380.5015-0.1120.781-0.01410.01770.8003-0.09220.286944.5341116.2986-10.2066
61.7518-1.00790.06711.9933-0.62623.2467-0.33050.53610.0726-0.13030.36080.689-0.3920.3312-0.14950.7574-0.0973-0.00130.80440.18530.690917.475122.1041-30.9071
72.8791-0.3436-2.60833.4440.27882.32830.2365-0.51960.65940.54180.2217-0.4826-0.01690.5925-0.39070.78010.1257-0.04930.9013-0.17061.101468.4153104.4341-9.8269
81.50750.3431-0.6321.08710.32071.2188-0.20180.20060.29-0.50850.13590.49170.17770.31820.08470.9860.0005-0.01720.75120.23741.22958.7517131.3227-26.9631
91.99360.2740.9671.98481.84763.03630.2753-0.142-0.53590.4649-0.3920.55220.9594-0.33780.13221.2033-0.01890.03530.83330.04671.15323.459675.6699-16.8451
101.58850.1544-0.3663.17190.52532.8478-0.2110.21450.4019-1.008-0.9325-1.5619-0.02030.19720.96761.03680.17350.23250.75370.26631.835835.690347.5926-29.2309
113.9275-0.49130.04691.90652.62823.7665-0.0547-0.3921-0.37180.54250.3601-1.10980.0150.121-0.25890.95440.0309-0.09140.55910.03261.538270.518978.3814-10.9479
127.90951.9413-1.71766.5427-0.31054.38390.54750.3010.7905-0.3047-0.61280.6396-0.05650.35040.18280.62240.0356-0.0090.64450.04450.604287.8639101.3756-26.7303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:122)A1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 137:204)A137 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:122)C1 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resseq 137:204)C137 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5(chain D and resseq 1:122)D1 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resseq 137:204)D137 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7(chain E and resseq 1:122)E1 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E and resseq 137:204)E137 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resseq 1:122)B1 - 122
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resseq 137:204)B137 - 204
11X-RAY DIFFRACTION11(chain F and resseq 1:122)F1 - 122
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 137:204)F137 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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