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- PDB-4pgz: Structural basis of KIT activation by oncogenic mutations in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pgz
タイトルStructural basis of KIT activation by oncogenic mutations in the extracellular region reveals a zipper-like mechanism for ligand-dependent or oncogenic receptor tyrosine kinase activation
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードTRANSFERASE / Receptor Tyrosine Kinase / KIT receptor / IgSF / cancer / surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / erythropoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Kit signaling pathway / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / immature B cell differentiation / melanocyte differentiation / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / germ cell migration / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / tongue development / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / pigmentation / stem cell population maintenance / mast cell degranulation / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / T cell differentiation / spermatid development / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SH2 domain binding / B cell differentiation / erythrocyte differentiation / cell chemotaxis / acrosomal vesicle / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / epithelial cell proliferation / stem cell differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / receptor protein-tyrosine kinase / cytoplasmic side of plasma membrane / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / spermatogenesis / protein tyrosine kinase activity / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Reshetnyak, A.V. / Boggon, T.J. / Lax, I. / Schlessinger, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Kolltan 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: The strength and cooperativity of KIT ectodomain contacts determine normal ligand-dependent stimulation or oncogenic activation in cancer.
著者: Reshetnyak, A.V. / Opatowsky, Y. / Boggon, T.J. / Folta-Stogniew, E. / Tome, F. / Lax, I. / Schlessinger, J.
履歴
登録2014年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,05111
ポリマ－70,0933
非ポリマー9588
水1,47782
1
C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子

C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4078
ポリマ－46,7282
非ポリマー6786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1900 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
2
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3487
ポリマ－46,7282
非ポリマー6195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.592, 63.548, 81.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 23364.225 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 308-514 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10%-18% [w/v] PEG 3350, 20 mM cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月27日
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 29387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.986 / Net I/av σ(I): 15.53 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 178278
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.495.30.82428670.80798.7
2.49-2.596.10.6529280.876100
2.59-2.76.10.44229210.926100
2.7-2.856.20.31629421.02899.9
2.85-3.026.10.21329391.035100
3.02-3.266.30.15129121.029100
3.26-3.586.20.11929261.062100
3.58-4.16.20.10129481.014100
4.1-5.176.20.08629701.049100
5.17-5060.0830340.993100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→42.39 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 1477 5.05 %
Rwork0.2318 --
obs0.2334 29249 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 47 82 4531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6576214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4841619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47750.37581330.31782461X-RAY DIFFRACTION99
2.4775-2.5660.34941370.31362502X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.66870.3411210.30332529X-RAY DIFFRACTION100
2.6687-2.79020.35571290.29462538X-RAY DIFFRACTION100
2.7902-2.93720.30091160.28692504X-RAY DIFFRACTION100
2.9372-3.12120.31621390.28252532X-RAY DIFFRACTION100
3.1212-3.36210.32151660.25642483X-RAY DIFFRACTION100
3.3621-3.70030.2811340.23232530X-RAY DIFFRACTION100
3.7003-4.23530.25211370.2152521X-RAY DIFFRACTION100
4.2353-5.33430.18541580.18072530X-RAY DIFFRACTION100
5.3343-42.39680.24131070.21492642X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.20650.0931-1.94213.1221-2.11872.5613-0.7365-0.0161-0.69520.3446-0.1238-0.35590.46531.91770.47630.53380.03760.01030.7303-0.1060.3958-5-25.244377.6251
21.25270.9887-0.75486.7542-2.53365.62170.09790.38050.4011-1.2832-0.17090.37591.06760.1383-0.02730.5983-0.0751-0.13910.6858-0.05930.36-12.1605-17.531854.1833
33.6901-1.46592.08167.9775-7.00378.2132-0.2987-0.3108-0.2460.3450.08990.3067-0.32830.0839-0.24390.2975-0.0280.02410.5046-0.06990.3487-14.308-22.111972.8168
45.0918-1.32170.04573.0826-2.93523.1730.2764-0.52660.69980.1970.30132.5521-1.2954-0.2984-0.55120.71550.00230.00610.9374-0.03661.1231-21.1586-10.112566.6646
55.1902-3.22313.4014.751-4.20863.87180.2712-0.1342-0.82110.5260.62671.5314-0.11-0.2806-0.83140.4196-0.1415-0.02380.56270.09790.5673-17.848-31.303773.7002
62.0767-0.82010.9094.7716-4.55354.8525-0.2502-0.045-0.00770.0231.12910.9409-0.4167-1.2176-0.51320.5161-0.0631-0.0850.5682-0.0030.463-18.3949-17.80261.3502
72.8808-0.55280.66126.9841-4.72766.0741-0.12140.1682-0.09090.5234-0.18370.0655-1.48430.93730.27010.4219-0.0978-0.03550.5499-0.08170.307-10.5952-15.229468.5812
82.026-1.52390.3737.0087-3.9992.6872-0.1335-0.5791.33490.2191-1.5394-0.689-2.0704-0.72880.62961.2639-0.0629-0.57560.6097-0.14721.0605-14.35516.102242.309
90.6242-1.81590.9967.9483-4.72682.8885-1.03070.63782.47361.10150.3043-1.676-1.25810.97481.40560.6623-0.5165-0.2280.96590.46511.373-6.96113.504840.6324
107.0616-1.52023.70463.194-3.61294.9053-0.9982-1.4832.66691.6254-0.0639-1.0269-3.5427-0.61010.3491.0673-0.0207-0.28460.7421-0.42271.1923-12.95063.61248.746
111.28560.9801-2.53242.759-2.64625.2848-1.24540.77331.464-1.1240.6088-1.9662-1.35432.01851.11921.016-0.4785-0.12370.70380.34740.9241-11.51841.652435.0413
124.3382.0776-2.46343.95120.38946.60340.1996-0.00480.34610.05320.0367-0.1510.00870.1568-0.26760.4106-0.0283-0.02870.5073-0.05440.350140.3877-5.556-8.7719
137.43022.6363-1.70587.49341.41246.2099-0.58870.6580.2202-0.17340.14551.56130.3359-1.02340.30460.4036-0.0796-0.04820.53350.00590.629916.2131-6.419921.1329
147.12312.0378-0.41838.79313.80879.0643-0.19110.16620.13990.6625-0.4081.80690.6157-0.94650.30680.5049-0.09120.10920.4530.00690.675815.6702-7.164726.1288
155.43480.25853.92913.28770.25886.46750.6777-0.3477-0.9995-0.1376-0.13010.26210.716-0.6093-0.5910.5616-0.03-0.18750.5753-0.01090.7347.0298-1.614154.5439
165.76941.66681.44928.02782.32689.3527-0.05110.16111.3395-0.5483-0.25161.8065-1.0994-0.97540.05170.60550.1495-0.0310.43550.0050.984619.18978.94127.2349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 309 through 317 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 318 through 330 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 331 through 349 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 350 through 358 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 359 through 371 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 372 through 387 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 388 through 410 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 411 through 432 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 433 through 464 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 465 through 476 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 477 through 506 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 308 through 410 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 411 through 442 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 443 through 506 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 309 through 410 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 411 through 505 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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