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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pgk
タイトルInsights into Substrate and Metal Binding from the Crystal Structure of Cyanobacterial Aldehyde Deformylating Oxygenase with Substrate Bound
要素Aldehyde decarbonylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme di-iron protein / hydrocarbon production / alpha-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde oxygenase (deformylating) activity / aldehyde oxygenase (deformylating) / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 11-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]undecanal / Aldehyde decarbonylase
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Buer, B.C. / Paul, B. / Das, D. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.G.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Insights into substrate and metal binding from the crystal structure of cyanobacterial aldehyde deformylating oxygenase with substrate bound.
著者: Buer, B.C. / Paul, B. / Das, D. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde decarbonylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6354
ポリマ－27,2211
非ポリマー4143
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.340, 77.340, 116.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Aldehyde decarbonylase / AD / Fatty aldehyde decarbonylase


分子量: 27221.006 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-243 / 変異: E90K, R191L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus (バクテリア)
株: MIT 9313 / 遺伝子: PMT_1231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V6D4, aldehyde oxygenase (deformylating)
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-Y69 / 11-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]undecanal


分子量: 302.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日
放射モノクロメーター: Si[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→22.13 Å / Num. obs: 19412 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2 / Net I/σ(I): 20

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TW3

4tw3


解像度: 2.17→22.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9379 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9249 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 995 5.12 %RANDOM
Rwork0.2189 ---
obs0.2191 19412 99.98 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.19 Å2 / Biso mean: 41.51 Å2 / Biso min: 22.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8921 Å20 Å20 Å2
2--2.8921 Å20 Å2
3----5.7841 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.334 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→22.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 44 86 1862
Biso mean--41.86 47.19 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d687SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes286HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1949HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion256SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2374SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1949HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2636HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.47
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.29 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 156 5.6 %
Rwork0.2282 2628 -
all0.2307 2784 -
obs--99.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.2646 Å / Origin y: 2.4129 Å / Origin z: -9.657 Å
111213212223313233
T-0.025 Å2-0.0162 Å2-0.0437 Å2--0.1175 Å20.0604 Å2---0.0545 Å2
L1.1716 °2-0.2117 °2-0.3839 °2-1.6156 °2-0.2333 °2--1.0505 °2
S-0.0095 Å °-0.033 Å °-0.0201 Å °0.0525 Å °0.0114 Å °0.0372 Å °-0.0348 Å °0.0037 Å °-0.0019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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