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万見
- PDB-4pg4: Crystal structure of S. aureus Homoserine Dehydrogenase at pH6.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pg4
タイトルCrystal structure of S. aureus Homoserine Dehydrogenase at pH6.0
要素Homoserine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aspartic acid pathway / pH sensitivity / hydride transfer / ACT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine dehydrogenase / homoserine dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3100 / : / Homoserine dehydrogenase C-terminal domain / Homoserine dehydrogenase / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / Homoserine dehydrogenase / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain ...Alpha-Beta Plaits - #3100 / : / Homoserine dehydrogenase C-terminal domain / Homoserine dehydrogenase / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / Homoserine dehydrogenase / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Homoserine dehydrogenase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus M1064 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
Model detailsStructure solved using the data obtained from the crystals grown at pH6.0 crystallization condition
データ登録者Navratna, V. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of homoserine dehydrogenase.
著者: Navratna, V. / Reddy, G. / Gopal, B.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoserine dehydrogenase
B: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,52327
ポリマ－102,7682
非ポリマー1,75525
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area35440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.460, 116.320, 118.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 427 / Label seq-ID: 21 - 447

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Homoserine dehydrogenase / HDH


分子量: 51384.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus M1064 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: U5K_01898 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: N6FDB4, UniProt: A0A0M3KKV6*PLUS, homoserine dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 280分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.2M Magnesium acetate, 22% PEG8000, 0.1M Bis-Tris, pH6.0, 5% Glycerol, 1mM Serine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.2 % / 数: 411942 / Rsym value: 0.071 / D res high: 2.2 Å / D res low: 118.35 Å / Num. obs: 50394 / % possible obs: 98
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.9639.4510.0290.0297.7
4.926.9610.0510.0518.3
4.024.9210.0630.0638.5
3.484.0210.060.068.5
3.113.4810.0670.0678.5
2.843.1110.0880.0888.3
2.632.8410.1320.1328
2.462.6310.1970.1978
2.322.4610.2990.2998
2.22.3210.4350.4358
反射解像度: 2.2→118.35 Å / Num. obs: 50394 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.3280.4351.85571669570.1560.4354.894.1
2.32-2.4680.2992.55297666430.1080.2996.495.1
2.46-2.6380.1973.95112364260.0710.1978.997.3
2.63-2.8480.1325.64907661210.0480.13212.699.5
2.84-3.118.30.08884714656930.0320.08817.599.9
3.11-3.488.50.0679.94412451900.0240.06723100
3.48-4.028.50.0610.33934846050.0220.0628.7100
4.02-4.928.50.0639.63323139240.0230.06332.8100
4.92-6.968.30.05111.32573430930.0190.05131.8100
6.96-39.457.70.02920.81346817420.0110.02934.597.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å37.36 Å
Translation2.2 Å37.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ収集
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DO5

3do5


解像度: 2.2→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.836 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2556 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 47777 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5770 0 115 255 6140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9768061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938313214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88225.751233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20815999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9491519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2243.4843135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2013.473117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5415.1773883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5415.1783884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.573.612833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.573.6112834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0175.3164173
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.60727.2296655
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.60627.2346656
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21343 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 192 -
Rwork0.216 3290 -
obs--93.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.010.6081-0.56210.7699-0.56840.6611-0.11930.09630.1868-0.10390.08860.08990.0226-0.07640.03070.0515-0.0331-0.04620.04490.00050.10787.7983-28.212-22.4222
20.53630.10710.8030.31250.151.8811-0.07760.0544-0.0214-0.06340.01680.0701-0.08450.09340.06080.04-0.03770.01220.0503-0.02480.048328.1971-50.2932-30.5481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 427
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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