PDB-4pft: Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide ABC transporte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pft

タイトル

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (TM1223) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.75 A resolution

要素

ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / oligopeptide ABC transporter / periplasmic oligopeptide-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.747 Å

データ登録者

Lu, X. / Ghimire-Rijal, S. / Cuneo, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
著者: Ghimire-Rijal, S. / Lu, X. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.

履歴

登録	2014年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.3	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pft.cif.gz	480.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pft.ent.gz	390.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pft_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pft_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4pft_validation.xml.gz	50.7 KB	表示
CIF形式データ	4pft_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pft	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pfuC 4pfwC 4pfyC 1vr5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pfy-1 4pfu-1 3klp-1 4pfw-1 3n92-d 6lzs-3 5yqw-d 3ryb-d 3drg-d 4pfy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter substrate-binding protein

B: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.489, 53.540, 106.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

ABC transporter substrate-binding protein / Mannoside ABC transport system / sugar-binding protein / Oligopeptide ABC transporter / periplasmic ...

分子量: 62881.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1223, THEMA_08215, Tmari_1230 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0V0

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose / 4beta-beta-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-mannobiose

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 化合物

ChemComp-NO3 / NITRATE ION

分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgNO3, 20-30% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.747→50 Å / Num. obs: 103164 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.747→1.8 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VR5

1vr5

解像度: 1.747→46.066 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	5162	5.01 %
R_work	0.1519	-	-
obs	0.1545	103123	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.747→46.066 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8753	0	60	1248	10061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.188	12807
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.777	3353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1642

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.747-1.767	0.3554	161	0.2823	3055	X-RAY DIFFRACTION	94
1.767-1.7878	0.3188	165	0.2623	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7878-1.8096	0.3346	175	0.2456	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8096-1.8325	0.2681	198	0.2252	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8325-1.8566	0.2499	162	0.2127	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8566-1.882	0.2609	149	0.2116	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.882-1.9089	0.283	183	0.2023	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9089-1.9374	0.2828	170	0.1946	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9374-1.9677	0.2587	165	0.1885	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9677-1.9999	0.2446	187	0.1886	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9999-2.0344	0.2521	191	0.1886	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0344-2.0714	0.2431	157	0.1769	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0714-2.1112	0.2169	179	0.1591	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1112-2.1543	0.2009	165	0.1587	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1543-2.2012	0.2225	189	0.1586	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2012-2.2524	0.2085	158	0.1539	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2524-2.3087	0.217	171	0.1481	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3087-2.3711	0.194	179	0.1511	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3711-2.4409	0.1982	185	0.1454	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4409-2.5197	0.1987	174	0.146	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.6097	0.2307	171	0.1518	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6097-2.7142	0.2396	171	0.1571	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7142-2.8377	0.2252	175	0.1535	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8377-2.9873	0.2081	161	0.1505	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9873-3.1744	0.1986	178	0.151	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1744-3.4194	0.194	184	0.1359	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4194-3.7634	0.1559	175	0.1262	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7634-4.3076	0.133	164	0.114	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3076-5.4258	0.1346	178	0.1062	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4258-46.0821	0.191	142	0.1373	3447	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8314	0.2917	-0.5653	1.5179	-0.8788	2.5361	-0.0239	0.1105	-0.0581	-0.0398	0.0252	0.1165	0.1004	-0.1864	-0.0061	0.0823	-0.0039	-0.0077	0.1307	-0.0153	0.1326	113.177	102.6513	6.1576
2	0.6957	0.4412	-0.5973	0.9241	-0.9387	1.8674	-0.0405	0.2108	0.0535	-0.1095	0.0975	0.1677	0.0562	-0.2992	-0.0576	0.1216	0.0067	-0.0194	0.1762	-0.013	0.14	113.4784	108.627	-2.1436
3	1.3155	0.65	0.2491	1.261	0.1596	1.1096	-0.0218	0.0115	-0.1018	0.0701	0.026	-0.0146	0.0955	0.1051	0.0075	0.1235	0.0333	0.0102	0.1226	0.0016	0.1011	134.4779	99.0852	15.2994
4	1.4335	0.3696	-0.0954	1.1536	-0.4022	1.7918	-0.065	0.0653	-0.1706	-0.1793	-0.0104	-0.2156	0.191	0.1114	0.019	0.1566	0.0363	0.0071	0.1477	-0.0111	0.1486	142.852	98.468	9.3975
5	0.9756	0.055	0.0966	0.8132	-0.3214	1.2507	-0.003	-0.037	0.1096	0.1387	-0.0313	-0.0244	-0.1529	0.073	0.0356	0.1242	0.0018	-0.0004	0.086	-0.0056	0.1111	137.1565	111.3269	17.6494
6	1.6498	0.7718	-0.0089	1.2815	0.0067	0.9492	-0.0213	0.0745	-0.12	-0.0778	-0.0281	-0.0753	0.0532	0.0194	0.013	0.1206	0.0483	0.0018	0.1108	-0.0177	0.1048	132.606	99.7301	5.7503
7	2.0867	0.2442	0.4161	1.8044	0.1797	2.1271	0.0091	0.1334	-0.2211	-0.0616	0.0257	0.1521	0.3719	-0.0892	-0.015	0.1748	-0.0038	-0.0017	0.1672	-0.0208	0.1622	117.1452	92.301	1.4183
8	0.5233	-0.1241	-0.1626	0.9587	0.7878	1.5422	0.0037	-0.081	0.018	0.053	0.0389	-0.1042	-0.0424	0.1099	-0.0474	0.1019	-0.0117	-0.0152	0.1073	0.0033	0.123	109.123	107.0323	51.6385
9	1.9932	-1.3953	0.5221	2.664	-0.7374	1.1393	-0.0145	0.0027	-0.0604	-0.1495	0.0634	0.1551	0.0847	-0.1178	-0.0562	0.0995	-0.0593	-0.0083	0.1135	-0.0076	0.0777	89.0788	98.5708	34.7888
10	2.1279	-0.8413	-0.4495	1.7372	0.6515	2.7495	-0.0904	-0.0417	-0.1738	0.0239	0.0268	0.3821	0.1689	-0.2258	0.076	0.1313	-0.0653	-0.0068	0.1279	0.0399	0.2049	80.3899	97.7414	39.4631
11	3.0201	-0.3503	0.5389	1.5079	-0.1293	1.6605	-0.0548	0.4406	0.2953	-0.3815	-0.0166	0.253	-0.155	-0.2583	0.0495	0.229	-0.0168	-0.0707	0.2335	0.0375	0.1857	81.4879	107.3801	21.2517
12	1.4299	-0.6238	0.0732	1.3707	-0.1388	0.5697	-0.0058	-0.0842	0.1451	0.0356	0.0517	0.0464	-0.0692	-0.0438	-0.0391	0.0921	-0.0239	0.0022	0.1007	-0.023	0.1125	90.708	108.4277	40.8799
13	3.7277	0.4667	0.471	2.1658	-0.6409	3.7697	0.0748	-0.1629	-0.2225	0.1033	-0.0786	-0.1003	0.3868	0.1085	0.0175	0.1233	0.0059	-0.0108	0.0947	-0.0109	0.1	105.4412	92.1802	49.7181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 252 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 253 through 301 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 302 through 347 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 348 through 485 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 486 through 528 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 529 through 558 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 252 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 253 through 301 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 302 through 347 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 348 through 404 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 405 through 528 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 529 through 558 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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