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万見
- PDB-4pf7: Crystal structure of insulin degrading enzyme complexed with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pf7
タイトルCrystal structure of insulin degrading enzyme complexed with inhibitor
要素Insulin-degrading enzyme
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding / regulation of aerobic respiration ...insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding / regulation of aerobic respiration / peptide catabolic process / amyloid-beta clearance / peroxisomal matrix / amyloid-beta metabolic process / Insulin receptor recycling / proteolysis involved in protein catabolic process / Peroxisomal protein import / peptide binding / protein catabolic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / metalloendopeptidase activity / positive regulation of protein catabolic process / peroxisome / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / external side of plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) ...Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2QW / Insulin-degrading enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Wang, Y. / Guo, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Dual Exosite-binding Inhibitors of Insulin-degrading Enzyme Challenge Its Role as the Primary Mediator of Insulin Clearance in Vivo.
著者: Durham, T.B. / Toth, J.L. / Klimkowski, V.J. / Cao, J.X. / Siesky, A.M. / Alexander-Chacko, J. / Wu, G.Y. / Dixon, J.T. / McGee, J.E. / Wang, Y. / Guo, S.Y. / Cavitt, R.N. / Schindler, J. / ...著者: Durham, T.B. / Toth, J.L. / Klimkowski, V.J. / Cao, J.X. / Siesky, A.M. / Alexander-Chacko, J. / Wu, G.Y. / Dixon, J.T. / McGee, J.E. / Wang, Y. / Guo, S.Y. / Cavitt, R.N. / Schindler, J. / Thibodeaux, S.J. / Calvert, N.A. / Coghlan, M.J. / Sindelar, D.K. / Christe, M. / Kiselyov, V.V. / Michael, M.D. / Sloop, K.W.
履歴
登録2014年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-degrading enzyme
B: Insulin-degrading enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,9676
ポリマ－228,9872
非ポリマー9804
水10,413578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.839, 115.961, 124.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Insulin-degrading enzyme / Abeta-degrading protease / Insulin protease / Insulinase / Insulysin


分子量: 114493.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-1019
変異: C110L, E111Q, C171S, C178A, C257V, C414L, C573N, C590S, C789S, C812A, C819A, C904S, C966N, C974A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14735, insulysin
#2: 化合物 ChemComp-2QW / (2S)-2-amino-N-{(1S)-1-cyclohexyl-2-[(4-methylphenyl)amino]-2-oxoethyl}-4-(methylselanyl)butanamide


分子量: 424.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O2Se
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 mM sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月9日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 98275 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 48.42 Å2 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G47

2g47


解像度: 2.33→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9284 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8951 / SU R Cruickshank DPI: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 1050 1.12 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.1993 94146 99.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3016 Å20 Å2-3.171 Å2
2--2.4212 Å20 Å2
3---4.8804 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15660 0 54 578 16292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00916107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0721791HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5706SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes444HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2289HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16107HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2027SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18249SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 75 1.08 %
Rwork0.2148 6864 -
all0.2148 6939 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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