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- PDB-4pf1: Crystal structure of aminopeptidase from marine sediment archaeon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pf1
タイトルCrystal structure of aminopeptidase from marine sediment archaeon Thaumarchaeota archaeon
要素Peptidase S15/CocE/NonD
キーワードHYDROLASE / serine peptidase / single cell genomics / alpha/beta hydrolase fold / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase activity
類似検索 - 分子機能
alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like ...alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Peptidase S15/CocE/NonD
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Michalska, K. / Chhor, G. / Fayman, K. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Steen, A. / Lloyd, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: FASEB J. / 年: 2015
タイトル: New aminopeptidase from "microbial dark matter" archaeon.
著者: Michalska, K. / Steen, A.D. / Chhor, G. / Endres, M. / Webber, A.T. / Bird, J. / Lloyd, K.G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase S15/CocE/NonD
B: Peptidase S15/CocE/NonD
C: Peptidase S15/CocE/NonD
D: Peptidase S15/CocE/NonD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,08723
ポリマ－285,1054
非ポリマー1,98219
水20,2491124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21500 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area81070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.434, 108.144, 120.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Peptidase S15/CocE/NonD / AP TA1 peptidase


分子量: 71276.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09 (古細菌)
遺伝子: MCGE09_00221 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: M7TVE7
#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Na citrate, 20% PEG3350, 2.8 mM DL-Phe

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979268 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979268 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 176913 / Num. obs: 176530 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MPX

1mpx


解像度: 2.1→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9089 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU R Cruickshank DPI: 0.205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 2166 1.23 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2054 175745 99.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3675 Å20 Å2-2.0413 Å2
2--2.7541 Å20 Å2
3----2.3865 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.281 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19666 0 1254 1124 22044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00820394HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7327758HARMONIC3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9100SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2939HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20394HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2539SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23884SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 148 1.14 %
Rwork0.2088 12841 -
all0.209 12989 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37-0.040.15810.4182-0.18110.50390.062-0.05070.04490.0428-0.04930.0379-0.0509-0.1004-0.0127-0.02760.0006-0.0428-0.049-0.0272-0.040758.552554.3616109.0028
20.3527-0.0557-0.03830.28670.08570.4290.085-0.0217-0.06810.0354-0.0396-0.08460.04320.1085-0.0454-0.0482-0.0079-0.1303-0.05290.0350.006197.847123.3892108.7928
30.44350.05190.18310.38340.10690.57260.00910.16720.078-0.0568-0.0194-0.0763-0.11440.17050.0102-0.0616-0.0177-0.0552-0.02810.0593-0.047493.303159.493176.1488
40.34640.03910.01230.3289-0.03950.3860.06230.0861-0.1028-0.0464-0.04430.04130.0458-0.0533-0.018-0.03110.0207-0.1177-0.0435-0.0563-0.023163.018919.386275.6849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|8 - A|623}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|7 - B|623}
3X-RAY DIFFRACTION3{C|7 - C|623}
4X-RAY DIFFRACTION4{D|8 - D|623}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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