+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1mpx | ||||||
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Title | ALPHA-AMINO ACID ESTER HYDROLASE LABELED WITH SELENOMETHIONINE | ||||||
Components | alpha-amino acid ester hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / jellyroll / selenomethionine | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-amino-acid esterase / alpha-amino-acid esterase activity / glycogen (starch) synthase activity / glycogen biosynthetic process / dipeptidyl-peptidase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas citri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Barends, T.R.M. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Hensgens, C.M.H. / de Vries, E.J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: The sequence and crystal structure of the alpha-amino acid ester hydrolase from Xanthomonas citri define a new family of beta-lactam antibiotic acylases. Authors: Barends, T.R. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Hensgens, C.M. / de Vries, E.J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1mpx.cif.gz | 531 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1mpx.ent.gz | 449.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1mpx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mpx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The asymmetric unit contains the biological tetramer |
-Components
#1: Protein | Mass: 69630.445 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas citri (bacteria) / Plasmid: pXc / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) References: UniProt: Q8PK36, UniProt: Q6YBS3*PLUS, alpha-amino-acid esterase #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 8000, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, Hamburg / Beamline: BW7B / Wavelength: 0.8459, 0.9779, 0.9783, 0.9392 | |||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 3, 2001 / Details: premirror, triangular monochromator, bent mirror | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: triangular / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.9→40 Å / Num. all: 220969 / Num. obs: 220969 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 95.8 | |||||||||||||||
Reflection | *PLUS Num. measured all: 1307283 | |||||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.65 / SU ML: 0.077 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.112 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.796 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 129 Å / Rfactor Rfree: 0.178 / Rfactor Rwork: 0.149 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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